Η ακριβής τοποθεσία του Λυκείου ταυτίζεται πέραν πάσης αμφιβολίας με τον χώρο που αποκαλύφθηκε στο οικόπεδο της Ρηγίλλης το 1996, κατά τη διάρκεια των ανασκαφών για τη θεμελίωση του Μουσείου Μοντέρνας Τέχνης, υπό την εποπτεία της αρχαιολόγου Ευτυχίας Λυγκούρη-Τόλια.
Τα στοιχεία που διαθέταμε έως την ανασκαφή προέρχονταν από λογοτεχνικές και μόνο πηγές και συγκεκριμένα από τους βίους και τις διαθήκες των σχολαρχών του Λυκείου. Η διαθήκη του Θεόφραστου μαρτυρεί τις καταστροφές που προξένησαν στο Λύκειο οι Μακεδόνες μετά την εξέγερση των Αθηναίων και την κατάληψη της πόλης το 307 π.Χ. από τον Δημήτριο Πολιορκητή (337–283 π.Χ.). Από τη διαθήκη αυτή επίσης διαφαίνεται ότι ο κεντρικός χώρος του Λυκείου ονομαζόταν μουσείο και ήταν διακοσμημένος με αγάλματα θεαινών (τας θεάς). Υπήρχε ακόμη ένα ιερό, στο οποίο ήταν τοποθετημένη η προτομή του Αριστοτέλη, όπως και άλλα αφιερώματα. Μια μικρή στοά συνέδεε το μουσείο με τα υπόλοιπα κτίσματα, ενώ υπήρχε και μια δεύτερη, η «κάτω στοά», όπου βρίσκονταν αναρτημένοι γεωγραφικοί χάρτες. Τέλος, στη διαθήκη γίνεται λόγος για τον βωμό (αυτόν που έστησε ο ίδιος ο Αριστοτέλης προς τιμήν του Πλάτωνα;), ο οποίος, κατά τον Θεόφραστο, έπρεπε να έχει το τέλειον και το εύσχημον.
Η σχεδίαση του όλου κτίσματος του Λυκείου παραπέμπει πράγματι σε ένα συγκρότημα πανομοιότυπο με την Ακαδημία του Πλάτωνα, αλλά έχοντας περισσότερους στεγασμένους χώρους, αν κρίνουμε και από το ότι επί σχολαρχίας του Θεόφραστου λέγεται πως στον Περίπατο σύχναζαν περίπου 2.000 μαθητές και ακροατές. Να σημειωθεί εδώ ότι το Λύκειο επί Αριστοτέλη και Θεόφραστου δεν αντιμετώπιζε οικονομικά προβλήματα, καθώς ο ίδιος ο Μέγας Αλέξανδρος είχε «προικοδοτήσει» τον Αριστοτέλη με 800 τάλαντα για τον εξοπλισμό του.
Ο Αριστοτέλης ίδρυσε τη σχολή στην περιοχή του Λύκειου Απόλλωνα με την επιστροφή του από την αυτοεξορία, το 335/4 π.Χ. Ο χώρος αυτός ήταν δημόσιος και ο Αριστοτέλης είχε εξασφαλίσει μόνο τη χρήση του, καθώς ως μέτοικος δεν είχε το δικαίωμα να αποκτήσει ιδιοκτησία στην Αθήνα. Την εποχή του Θεόφραστου –διάδοχου του Αριστοτέλη στο Λύκειο– σύμφωνα με νόμο που είχε θεσπίσει ο Δημήτριος ο Φαληρεύς, επιτρεπόταν στους μετοίκους να κατέχουν γη (έγκτησις). Έτσι, ο Θεόφραστος όχι μόνο έγινε κύριος της Σχολής, με χρήματα που του παρείχε χωρίς φειδώ ο Μακεδόνας ηγέτης Αντίγονος Γονατάς (319–239 π.Χ.), αλλά είχε και την οικονομική δυνατότητα να επεκτείνει τις εγκαταστάσεις και τους ελεύθερους γύρω χώρους, προσθέτοντας μια κατοικία για τον εκάστοτε σχολάρχη και έναν κήπο, στον οποίον οδηγούσε ο Περίπατος. Πρέπει να έχουμε κατά νου ότι η Σχολή, εκτός από τις απαραίτητες αίθουσες διδασκαλίας και τους βοηθητικούς χώρους, ήταν κοινοβιακή και προσέφερε στα μέλη της στέγαση και σίτιση.
Ωστόσο, δεν γίνεται λόγος πουθενά για την ιδιαίτερα πλούσια και ομολογουμένως ξακουστή συλλογή βιβλίων του Λυκείου (η οποία δεν περιείχε μόνο τα συγγράμματα του Αριστοτέλη και αυτά του Θεόφραστου, αλλά ενδεχομένως και μαθητών της σχολής), ούτε για το εποπτικό υλικό που χρησίμευε για τη διδασκαλία μαθημάτων σχετικών με την αστρονομία και τη γεωγραφία. Βέβαιο είναι ότι η βιβλιοθηκονομική ταξινόμησή της, κατά θεματικές κατηγορίες μάλλον, ήταν υποδειγματική, αν κρίνουμε από την εμμονή των Πτολεμαίων να εμπιστευθούν την οργάνωση της Οικουμενικής Βιβλιοθήκης σε διαδόχους του Αριστοτέλη στη διεύθυνση του Λυκείου· αρχικά στον Θεόφραστο και εν συνεχεία στον Στράτωνα και στον Λύκωνα.
Κ.Σπ. Στάικος, Η Αρχιτεκτονική των Βιβλιοθηκών στον Δυτικό Πολιτισμό, Αθήνα, Άτων, 2016, σ. 42–43.