Ακριβώς στην καρδιά της Αθήνας, κατά μήκος της οδού των Παναθηναίων και στα όρια της Αρχαίας Αγοράς, κτίστηκε στο διάστημα μεταξύ 98 και 102 μ.Χ. μία βιβλιοθήκη, η οποία αφιερώθηκε στους Αθηναίους και στον αυτοκράτορα Τραϊανό. Κτήτοράς της ήταν ο Τίτος Φλάβιος Πάνταινος, γιος του Φλαβίου Μενάνδρου, διευθυντή ίσως κάποιας φιλοσοφικής σχολής. Σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή, η δωρεά συνίστατο όχι μόνο στο οικοδόμημα της βιβλιοθήκης και τα βιβλία, αλλά και στις περιβάλλουσες στοές και στο περιστύλιο, ενώ τέλος διευκρινιζόταν ότι στο εγχείρημα συνέβαλαν οικονομικά και τα παιδιά του Πανταίνου, ο Φλάβιος Μένανδρος και η Φλαβία Σεκουνδίλλα.
Επρόκειτο για ένα ασυνήθιστα ασύμμετρο συγκρότημα, το οποίο οριζόταν από τρεις στοές: η μία κατά μήκος της οδού των Παναθηναίων, η άλλη απέναντι από τη βόρεια πλευρά της Στοάς του Αττάλου και η τρίτη έβλεπε προς την οδό μεταξύ της Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αγοράς. Η κύρια είσοδος της βιβλιοθήκης βρισκόταν στην πλευρά της στοάς της οδού των Παναθηναίων και οδηγούσε μέσα από έναν στεγασμένο χώρο στο προαύλιο· στο θύρωμά της είχε χαραχτεί η κτητορική επιγραφή. Το συγκρότημα της βιβλιοθήκης αποτελούνταν πιθανότατα από τις τρεις αίθουσες που έβλεπαν προς το προαύλιο, η πρόσοψη των οποίων οριζόταν αντίστοιχα από μία κιονοστοιχία. Στο κέντρο του προαυλίου προστέθηκε αργότερα ένα περιστύλιο, το οποίο δεν αποκλείεται να εξυπηρετούσε ανά διαστήματα λειτουργικές ανάγκες της βιβλιοθήκης (υπαίθριο αναγνωστήριο και βιβλιογραφείο). Η επικοινωνία μεταξύ των στεγασμένων χώρων γινόταν μόνο μέσω του προαυλίου και, σύμφωνα με το τοπογραφικό σχέδιο που δημοσίευσε ο J. Camp, υπήρχε προς τη βόρεια πλευρά μία ακόμη δυνατότητα επικοινωνίας με το εσωτερικό της βιβλιοθήκης, μέσω στεγασμένου χώρου που κατέληγε στη στοά, η οποία βρισκόταν μεταξύ της Ελληνικής και της Ρωμαϊκής Αγοράς. Το οικοδομικό τετράγωνο συμπλήρωναν διάφορα κτίσματα που λειτουργούσαν ως καταστήματα, με προσόψεις προς τις τρεις στοές.
Η βιβλιοθήκη του Πανταίνου αποτελούσε, βάσει όσων γνωρίζουμε, την πρώτη αυτόνομη δημόσια αθηναϊκή βιβλιοθήκη, που δεν ήταν δηλαδή προσαρτημένη σε γυμνασιακά συγκροτήματα ή φιλοσοφικές σχολές. Η χάραξη της επιγραφής σε κυμάτια και οι ταινίες του θυρώματος μας επιτρέπουν να υποθέσουμε ότι η οικοδομήθηκε στη θέση ενός αρχαιότερου συγκροτήματος, το οποίο δεν αποκλείεται να ήταν κάποια φιλοσοφική σχολή, όπου ίσως είχε διδάξει ο πατέρας του Φλαβίου Πανταίνου, ή πιθανόν και ο ίδιος. Δεν εντοπίστηκε κανένα στοιχείο που να προσδιορίζει την οργάνωση του χώρου της βιβλιοθήκης, ως προς τα βιβλιοστάσια και τον γενικότερο διάκοσμό της, εκτός από το ότι το δάπεδο και οι τοίχοι, τουλάχιστον της μεγάλης ορθογώνιας αίθουσας με τους πέντε κίονες της πρόσοψης, ήταν επενδυμένοι με μάρμαρο. Αποτμήματα ενός αγάλματος του Τραϊανού, χρονολογούμενου μετά το 102 μ.Χ., που έφερε στο φως η αρχαιολογική σκαπάνη, είναι ενδεικτικά της λατρείας του στον χώρο ως Traianus Germanicus Dacicus (μετά τη νίκη του επί των Δακών), ενώ τη βιβλιοθήκη κοσμούσε και το άγαλμα κάποιας άλλης μάλλον θεότητας, η βάση του οποίου μαρτυρεί πως είχε αφιερωθεί ως ανάθημα από τον ιερέα Ηρώδη Αττικό τον Μαραθώνιο. Τη λειτουργία της βιβλιοθήκης όριζε κανονισμός χαραγμένος σε μαρμάρινη στήλη ή ενσωματωμένη επιτοίχια πλάκα.
Επρόκειτο προφανώς για μη δανειστική βιβλιοθήκη, το προσωπικό της οποίας υπάκουε σε κάποιον εσωτερικό κανονισμό, βάσει του οποίου καταρτίστηκε και το σκεπτικό της λειτουργίας της. Πολλά ερωτήματα μένουν αναπάντητα ως προς τον κτήτορά της και τη συλλογή βιβλίων που δώρισε στους Αθηναίους. Δεν γνωρίζουμε τίποτα σχετικό με τα μέλη της οικογένειας του Πανταίνου, όπως τίποτα δεν γνωρίζουμε και για την ιδιότητα του πατέρα του. Σύμφωνα με τον T. L. Shear, ο χορηγός Πάνταινος θα μπορούσε να ταυτιστεί με τον επώνυμο Αθηναίο άρχοντα [Π]άνταινο Γάργ[ήττιο], ενώ ο B. D. Meritt αποκλείει εντελώς την αθηναϊκή προέλευση του Πανταίνου. Τέλος, αγνοούμε κατά πόσον τα βιβλία που εντάχθηκαν στη βιβλιοθήκη προέρχονταν από συλλογή του πατέρα του ή αγοράστηκαν αποκλειστικά για τον σκοπό αυτό.
Κ.Σπ. Στάικος, Η Ιστορία της Βιβλιοθήκης στον Δυτικό Πολιτισμό, τόμ. II, Αθήνα, Κότινος, 2005, σ. 232–236.