Η Μονή του Προδρόμου στην Κωνσταντινούπολη ιδρύθηκε τον 6ο αιώνα και ανακαινίστηκε τον 12ο, ενώ οι πληροφορίες για το αντιγραφικό εργαστήριό της χρονολογούνται από τον 11ο αιώνα. Τρεις βιβλιογράφοι αναφέρεται ότι δραστηριοποιήθηκαν επί ηγουμενίας του Νικολάου: ο Καλλίνικος, ο Κύριλλος και ο Λουκάς. Τον επόμενο αιώνα, τα χρόνια που τη θέση του ηγουμένου κατείχε ο Μάξιμος, η Μονή γνώρισε μεγάλη ακμή και ο Θεόκτιστος και ο Αρσένιος, βιβλιογράφοι και δάσκαλοι, εμπλούτισαν ακόμη περισσότερο τη βιβλιοθήκη της, ενώ παράλληλα φαίνεται ότι άρχισε να λειτουργεί και κάποια σχολή. Στο τέλος του 12ου ή στις αρχές του 13ου αιώνα, δύο ανώνυμοι μαθητές του Αρσενίου συνέχισαν το κωδικογραφικό έργο του και έκτοτε, για τη χρονική περίοδο που συμπίπτει με τη λατινική κατάκτηση της Κωνσταντινούπολης (1204-1261), δεν διαθέτουμε κανένα στοιχείο γύρω από τα έργα και τις ημέρες της Μονής, όπως και για την τύχη του χειρόγραφου πλούτου της. Η εικόνα του μοναχού, με αποσκευές τα βιβλία και τα σύνεργα της βιβλιογραφικής του δραστηριότητας, να αναζητά καταφύγιο σε μονές της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας ή της Νικαίας, στα βασίλεια της Θεσσαλονίκης και της Κύπρου φαίνεται αρκετά πιθανή.
Από τις αρχές του 14ου αιώνα άρχισε μία προσπάθεια αναδιοργάνωσης της βιβλιοθήκης, με την αντιγραφή παλαιότερων κωδίκων και τον χαρακτηρισμό τους με κτητορικά σημειώματα. Κατά την περίοδο αυτή ξεχωρίζει η μορφή του Νεόφυτου Προδρομηνού, ενός διανοούμενου με ποικίλα πνευματικά ενδιαφέροντα γύρω από την αριστοτελική φιλοσοφία, την ιατρική, την ποίηση, τη γραμματική αλλά και τη θεολογία, από την αντιγραφική δραστηριότητα του οποίου σώζονται μάλιστα πολλά δείγματα. Σημαντική, τέλος, κωδικογραφική εργασία προσέφερε στη μονή και ο μοναχός Στέφανος, σκευοφύλακας πριν από το 1416, ο οποίος αντέγραψε κώδικες με θεολογικό αλλά και κοσμικό περιεχόμενο, όπως τραγωδίες του Ευριπίδη με σχόλια, τους Βίους του Πλουτάρχου και την Ιστορία του Πολύβιου.
Με την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους το 1453, η Μονή και η βιβλιοθήκη δεν φαίνεται να υπέστησαν ανεπανόρθωτες ζημιές, τουλάχιστον άμεσα, καθώς παραχωρήθηκαν από τον σουλτάνο Μεχμέτ Β΄ (1463) στη χριστιανή μητέρα του μεγάλου Βεζίρη Μαχμούτ πασά. Ωστόσο, ο διασκορπισμός του χειρόγραφου πλούτου της βιβλιοθήκης ήταν αναπόφευκτος: δύο χειρόγραφα που είχε αντιγράψει ο Στέφανος πέρασαν στην ιδιοκτησία του καρδινάλιου Βησσαρίωνα, για να καταλήξουν στη Μαρκιανή Βιβλιοθήκη. Τρεις πάλι κώδικες που ολοκληρώθηκαν από τον Θεόκτιστο, αγοράστηκαν από τον Augerius von Busbeck στην Κωνσταντινούπολη το 1562 και περιήλθαν αργότερα στην αυτοκρατορική βιβλιοθήκη της Βιέννης, όπως επίσης και ο περίφημος κώδικας του Διοσκορίδη του 6ου αιώνα, τον οποίο είχε αποκτήσει η μονή γύρω στο 1261 και αποτέλεσε πρότυπο για δύο αντίγραφα που επιμελήθηκε ο Νεόφυτος.
Κ.Σπ. Στάικος, Η Ιστορία της Βιβλιοθήκης στον Δυτικό Πολιτισμό, τόμ. ΙΙΙ, Αθήνα, Κότινος, 2007, σ. 428–429.