Ακριβώς στην καρδιά της Αθήνας, κατά μήκος της Οδού των Παναθηναίων και στα όρια της Αρχαίας Αγοράς, χτίστηκε μεταξύ 98 και 102 μ.Χ. μια βιβλιοθήκη που αφιερώθηκε στους Αθηναίους και στον αυτοκράτορα Τραϊανό. Κτήτορας της βιβλιοθήκης ήταν ο Τίτος Φλάβιος Πάνταινος, γιος του Φλαβίου Μενάνδρου, διευθυντή ίσως κάποιας (φιλοσοφικής) σχολής. Σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή, η δωρεά περιλάμβανε όχι μόνο το κτίσμα της βιβλιοθήκης και τα βιβλία αλλά και τις περιβάλλουσες στοές και το περιστύλιο, ενώ τέλος διευκρινίζεται ότι στο εγχείρημα συνέβαλαν οικονομικά και τα παιδιά του Πανταίνου, ο Φλάβιος Μένανδρος και η Φλαβία Σεκουνδίλλα.
Πρόκειται για ένα ασυνήθιστα ασύμμετρο σύμπλεγμα κτισμάτων, το οποίο ορίζεται από τρεις στοές: η μία κατά μήκος της Οδού των Παναθηναίων, η άλλη απέναντι από τη βορινή πλευρά της Στοάς του Αττάλου και η τρίτη που έβλεπε προς την οδό μεταξύ της Ελληνικής και της Ρωμαϊκής Αγοράς. Η κύρια είσοδος της βιβλιοθήκης βρισκόταν στην πλευρά της στοάς της Οδού των Παναθηναίων, στην πορτοσιά της οποίας είχε χαραχτεί η κτητορική επιγραφή, και οδηγούσε μέσα από έναν στεγασμένο χώρο στο προαύλιο. Το συγκρότημα της βιβλιοθήκης αποτελούσαν πιθανότατα οι τρεις αίθουσες που άνοιγαν προς το προαύλιο, η πρόσοψη των οποίων οριζόταν από μία κιονοστοιχία αντίστοιχα. Στο κέντρο του προαυλίου αυτού προστέθηκε αργότερα περιστύλιο, το οποίο δεν αποκλείεται να εξυπηρετούσε κατά εποχές λειτουργικές ανάγκες της βιβλιοθήκης (υπαίθριο αναγνωστήριο και βιβλιογραφείο). Η επικοινωνία μεταξύ των στεγασμένων χώρων γινόταν μόνο μέσω του προαυλίου.
Σύμφωνα με το τοπογραφικό σχέδιο που δημοσιεύεται στο βιβλίο του Τζον Καμπ (John Camp), υπήρχε προς τη βορινή πλευρά μια ακόμη δυνατότητα επικοινωνίας με το εσωτερικό της βιβλιοθήκης, μέσω στεγασμένου και πάλι χώρου που κατέληγε στη στοά που βρισκόταν μεταξύ της Ελληνικής και της Ρωμαϊκής Αγοράς. Το οικοδομικό τετράγωνο συμπλήρωναν διάφορα κτίσματα που λειτουργούσαν ως καταστήματα, με πρόσοψη προς τις τρεις στοές.
Η βιβλιοθήκη του Πανταίνου αντιπροσωπεύει, απ’ όσο γνωρίζουμε, την πρώτη αυτόνομη δημόσια αθηναϊκή βιβλιοθήκη, που δεν είναι δηλαδή προσαρτημένη σε γυμνασιακά συγκροτήματα ή φιλοσοφικές σχολές. Η χάραξη της επιγραφής σε κυμάτια και οι ταινίες του θυρώματος μας επιτρέπουν να υποθέσουμε ότι η ανέγερσή της έγινε στα θεμέλια ενός αρχαιότερου συγκροτήματος, το οποίο δεν αποκλείεται να ήταν κάποια φιλοσοφική σχολή που ίσως δίδασκε ο πατέρας του Φλαβίου Πανταίνου, ή πιθανόν και ο ίδιος. Δεν αποκαλύφθηκε κανένα στοιχείο που να προσδιορίζει την οργάνωση του χώρου της βιβλιοθήκης ως προς τα βιβλιοστάσια και τον γενικότερο διάκοσμό της, εκτός του ότι το δάπεδο και οι τοίχοι, τουλάχιστον στη μεγάλη ορθογώνια αίθουσα με τους πέντε κίονες της πρόσοψης, ήταν επενδεδυμένοι με μάρμαρο. Τμήματα ενός αγάλματος του Τραϊανού που έφερε στο φως η αρχαιολογική σκαπάνη και το οποίο χρονολογείται μετά το 102 μ.Χ., μαρτυρούν ότι στον χώρο λατρευόταν ο Τραϊανός ως Τραϊανός Γερμανικός Δακικός (Traianus Germanicus Dacicus) —μετά τη νίκη του επί των Δακών. Τη βιβλιοθήκη κοσμούσε και το άγαλμα κάποιας άλλης μάλλον θεότητας, από τη βάση του οποίου προκύπτει πως το ανάθημα είχε αφιερωθεί από τον ιερέα Ηρώδη Αττικό τον Μαραθώνιο.
Τη λειτουργία της βιβλιοθήκης όριζε κανονισμός χαραγμένος σε μαρμάρινη στήλη ή ενσωματωμένη επιτοίχια πλάκα που γράφει: ΒΥΒΛΙΟΝ ΟΥΚ ΕΞΕΝΕΧΘΗΣΕΤΑΙ ΕΠΕΙ ΩΜΟΣΑΜΕΝ ΑΝΥΓΗΣΕΤΑΙ ΑΠΟ ΩΡΑΣ ΠΡΩΤΗΣ ΜΕΧΡΙ ΕΚΤΗΣ (Κανένα βιβλίο δεν θα βγει από τη βιβλιοθήκη επειδή το ορκιστήκαμε. Η βιβλιοθήκη θα είναι ανοιχτή από την πρώτη ώρα μέχρι την έκτη).
Πρόκειται προφανώς για μη δανειστική βιβλιοθήκη, το προσωπικό της οποίας υπάκουε σε κάποιον εσωτερικό κανονισμό, βάσει του οποίου καταρτίστηκε και το σκεπτικό της λειτουργίας της. Πολλά ερωτήματα μένουν αναπάντητα ως προς τον κτήτορα της βιβλιοθήκης και τη συλλογή των βιβλίων που δώρισε στους Αθηναίους. Δεν γνωρίζουμε τίποτα σχετικό για τα μέλη της οικογένειας του Πανταίνου, ούτε όμως και για την ιδιότητα του πατέρα του. Κατά τον Τ.Λ. Σίαρ (T.L. Shear) θα μπορούσε να ταυτιστεί ο χορηγός Πάνταινος με τον επώνυμο Αθηναίο άρχοντα [Π]άνταινο Γαργ[ήττιο], ενώ σύμφωνα με την άποψη του Μπ.Ντ. Μέριτ (B.D. Meritt) αποκλείεται η αθηναϊκή προέλευση του Πανταίνου. Αγνοούμε επίσης κατά πόσο τα βιβλία που κατέληξαν στη βιβλιοθήκη προέρχονταν από κάποια συλλογή του πατέρα του ή αγοράστηκαν αποκλειστικά για τον σκοπό αυτόν. Επίσης, ο τίτλος που έφερε ο κτήτορας Φλάβιος Πάνταινος, ο οποίος μνημονεύεται ως ιερεύς Μουσών Φιλοσόφων, δεν αναγράφεται σε καμία άλλη αθηναϊκή επιγραφή, ενώ η Μούσα της Φιλοσοφίας αναφέρεται από τον Πλάτωνα (Πολιτεία, 548c).
Κ.Σπ. Στάικος, Η Αρχιτεκτονική των Βιβλιοθηκών στον Δυτικό Πολιτισμό, Αθήνα, Άτων, 2016, σ. 118–122.