Ο Ιουστινιανός Α΄, αυτοκράτορας του Βυζαντίου (527-565 μ.Χ.), μολονότι άφησε ανεξίτηλη τη σφραγίδα του σε πολλά μνημεία της χριστιανοσύνης –είναι ο ιδρυτής της Μονής της Αγίας Αικατερίνης στο Σινά και της περίφημης βιβλιοθήκης της– (Βιβλ. ΙΙΙ, 110-124), είναι αυτός που απέτρεψε ουσιαστικά τη διαμόρφωση ελληνοχριστιανικής παιδείας, καθώς επεδίωξε να βασιλεύσει σε ένα κράτος καθολικά χριστιανικό, ακόμη και ως προς τη συνείδηση (Lemerle, Ουμ., 65-70).
Ο Ιουστινιάνειος κώδικας περιθωριοποίησε κάθε ειδωλολατρικό στοιχείο, με αποκορύφωμα την έκδοση μιας προστάξεως προς τον έπαρχο της Αθήνας Φλάβιο Δέκιο τον νεότερο, βάσει της οποίας απαγορευόταν σε οποιονδήποτε η διδασκαλία της φιλοσοφίας. Η πρόσταξη αυτή είχε ως αποτέλεσμα τη διακοπή της διδασκαλίας της φιλοσοφίας στις σχολές των Αθηνών. Ο Μαλάλας μάλιστα μαρτυρεί πως κατά την περίοδο 546-562 δάσκαλοι και γραμματικοί φυλακίστηκαν και βασανίστηκαν στο Κυνήγιον, στην Κωνσταντινούπολη, και τα βιβλία τους παραδόθηκαν στην πυρά (Μαλάλας, Χρον., XVIII · Βιβλιοθήκη, 144-145).