Ο Ιωάννης Γραμματικός ή Φιλόπονος γεννήθηκε στην Αλεξάνδρεια στο τέλος του 5ου αιώνα μ.Χ. και μαθήτευσε κοντά στον νεοπλατωνικό Αμμώνιο Eρμεία. Εξελίχθηκε σε ένα από τα σπουδαιότερα πνεύματα της εποχής του και επηρέασε όχι μόνον τη βυζαντινή αλλά και την ισλαμική σκέψη, ενώ άσκησε επίδραση προπάντων στις φυσικές επιστήμες κατά τον Μεσαίωνα και ως τον Γαλιλαίο. Δεν γνωρίζουμε πότε ακριβώς πέθανε, ωστόσο terminus post quem είναι το έτος 567, δηλαδή 70 περίπου χρόνια πριν από την κατάκτηση της Αλεξάνδρειας από τους Άραβες.
Έγραψε πολυάριθμα Υπομνήματα σε συγγράμματα του Αριστοτέλη, σε ένα από τα οποία (Σχόλια εις τας Κατηγορίας) αναφέρει τρεις λόγους που οδήγησαν στην παραχάραξη του αριστοτελικού έργου: α) για να γίνουν και έτεροι Αριστοτέλεις, β) για να υπάρξουν περισσότερα έργα του (κατά ζήλον του διδασκάλου γεγράφασι Κατηγορίας) και γ) επειδή ο Πτολεμαίος ο Φιλάδελφος πλήρωνε πλουσιοπάροχα οποιονδήποτε του προσκόμιζε συγγράμματα του Αριστοτέλη.
Ο Ιωάννης Φιλόπονος υπήρξε το κεντρικό πρόσωπο στο χρονογράφημα του Ιμπν αλ-Κίφτι αναφορικά με την πυρπόληση των βιβλίων που είχαν διασωθεί στη Βιβλιοθήκη της Αλεξάνδρειας μετά την αραβική κατάκτηση (642 μ.Χ.) (Qifti, Khitab). Ο χρονογράφος αναφέρει τον διάλογο του Ιωάννη με τον κατακτητή της Αλεξάνδρειας εμίρη Αμρ-Ιμπν-αλ-Ας γύρω από το ιστορικό της Αλεξανδρινής Βιβλιοθήκης και τα υπολείμματά της, καθώς και το αίτημα του Φιλόπονου για να αποκτήσει βιβλία που ήταν συγκεντρωμένα στα βασιλικά θησαυροφυλάκια.
Ο εμίρης Άμρ θεώρησε ότι δεν μπορούσε να αποφασίσει μόνος του για ένα τόσο σοβαρό θέμα και ζήτησε την συμβουλή του χαλίφη Ομάρ. Είναι γνωστή η λακωνική απάντηση του χαλίφη: «Αν το περιεχόμενο των βιβλίων συμφωνεί με το βιβλίο του Αλλάχ, δεν μας χρειάζονται αυτά, εφόσον το βιβλίο του Αλλάχ είναι υπεραρκετό. Αν αντίθετα περιέχουν κάτι ασύμφωνο προς το βιβλίο του Αλλάχ, δεν υπάρχει καμία ανάγκη να τα κρατήσουμε. Προχώρησε στην καταστροφή τους» Έτσι και έγινε, σύμφωνα με το χρονογράφο. Βέβαια δεν υπάρχει ιστορική αλήθεια στο χρονογράφημα, καθώς ο Ιωάννης ο Φιλόπονος ήταν ήδη νεκρός κατά την κατάκτηση της Αλεξάνδρειας, η δε περιγραφή της διαδικασίας καταστροφής των βιβλίων αγγίζει τα όρια της φαντασίας και εντάσσεται, πιθανότατα, στο πλαίσιο της διαμάχης γύρω από τις αραβικές μεταφράσεις των κλασικών ελληνικών συγγραμμάτων (Βιβλ. Ι, 197, 214-215, 243, 266).