Ιστορική αναδρομή. Το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών (ΕΙΕ) ιδρύθηκε τον Οκτώβριο του 1958, έχοντας αρχικά την ονομασία «Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών» (μετονομάστηκε σε «Εθνικό» το 1970), με σκοπό την προαγωγή της επιστημονικής έρευνας και τη δημιουργία επαγγελματικών ευκαιριών για τους Έλληνες ερευνητές. Τέλος του 1960 το ΕΙΕ προχώρησε στην ίδρυση των πρώτων δικών του ερευνητικών κέντρων, του Κέντρου Βυζαντινών Ερευνών (ΚΒΕ) και του Κέντρου Νεοελληνικών Ερευνών (ΚΝΕ), με κοινή στέγη, βιβλιοθήκη και γραμματεία. Ως τρίτος επιστημονικός κλάδος ελληνικών ερευνών ήρθε να προστεθεί το 1975 το Κέντρο Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητας (ΚΕΡΑ), ενώ έμφαση δόθηκε και στον τομέα των θετικών επιστημών με την ίδρυση του Κέντρου Φυσικοχημείας (1967), του Κέντρου Θεωρητικής Χημείας (1976) και του Κέντρου Βιολογικών Ερευνών (1977).

Σήμερα, το ΕΙΕ αποτελείται από τρία Ερευνητικά Ινστιτούτα (η μετονομασία των Κέντρων σε Ινστιτούτα είχε καθιερωθεί από το 1985): α) το Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών (ΙΙΕ), που διαχωρίζεται στον Τομέα Νεοελληνικών Ερευνών (ΤΝΕ), στον Τομέα Βυζαντινών Ερευνών (ΤΒΕ) και στον Τομέα Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος (ΤΕΡΑ), β) το Ινστιτούτο Χημικής Βιολογίας (ΙΧΒ) και γ) το Ινστιτούτο Θεωρητικής και Φυσικής Χημείας (ΙΘΦΧ).

Η κοινή Βιβλιοθήκη των Κέντρων –πλέον θα αναφέρονται ως Τομείς– Βυζαντινών Ερευνών και Νεοελληνικών Ερευνών ιδρύθηκε το 1960 και το 1994 επονομάσθηκε σε «Βιβλιοθήκη Δ. Α. Ζακυθηνός» στη μνήμη του πρώτου διευθυντή του ΤΒΕ και συνιδρυτή του ΕΙΕ. Μαζί με τη Βιβλιοθήκη του Τομέα Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος, που άρχισε να συγκροτείται το 1979, συναποτελούν τη Βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου Ιστορικών Ερευνών.

Βιβλιοθήκη «Δ.Α. Ζακυθηνός» του Τομέα Βυζαντινών Ερευνών και του Τομέα Νεοελληνικών Ερευνών. Το 1961, τον πρώτο χρόνο λειτουργίας της Βιβλιοθήκης των δύο Τομέων, καταμετρήθηκαν στο βιβλίο εισαγωγής της 1.147 τίτλοι, από τους οποίους 68 ήταν περιοδικά. (Επισημαίνεται ότι το 1958 είχε συσταθεί με πρωτοβουλία του σπουδαίου φιλολόγου, εμπνευστή του ΤΝΕ, συνιδρυτή και διευθύνοντα συμβούλου του ΕΙΕ Κ. Θ. Δημαρά, Βιβλιοθήκη των περιοδικών όλων των επιστημών από όλες τις χώρες, η οποία λειτουργούσε ανεξάρτητα από τη Βιβλιοθήκη «Δ.Α. Ζακυθηνός», ως εκ τούτου δεν περιελάμβανε τους ανωτέρω τίτλους περιοδικών.) Όπως έγραψε ο διευθυντής του ΤΝΕ για την περίοδο 1960–1962 καθηγητής Μιχαήλ Λάσκαρις στην ετήσια έκθεση πεπραγμένων του ΕΙΕ (δημοσιεύθηκε το 1962 στον τρίτο τόμο της Επετηρίδας του ΕΙΕ), η Βιβλιοθήκη διέθετε πέρα από το βιβλίο εισαγωγής, δελτιοκατάλογο με αλφαβητική σειρά και συστηματικό κατάλογο κατά λήμμα. Αναφορικά δε με τα περιοδικά εφαρμόσθηκε το σύστημα παρακολούθησης και ενημέρωσης Cardex. Κατά τον πρώτο αυτό χρόνο δεν αναφέρθηκαν στην αντίστοιχη έκθεση του καθηγητή και διευθυντή του ΤΒΕ Δ. Ζακυθηνού προσκτήσεις τίτλων βυζαντινών συλλογών⸱ ωστόσο οι ερευνητές του καταπιάστηκαν με την αποδελτίωση ρώσικων και τούρκικων περιοδικών και συγγραμμάτων.

Το 1962 εισήχθησαν στην κοινή Βιβλιοθήκη ΤΝΕ και ΤΒΕ 714 τίτλοι. Επιπλέον, αποκτήθηκαν 80 ξένα περιοδικά που αφορούσαν τις θεματικές ενδιαφέροντος του ΤΝΕ. Οι βυζαντινές συλλογές της Βιβλιοθήκης εμπλουτίσθηκαν, σύμφωνα με την έκθεση πεπραγμένων του Ζακυθηνού, από τα εξής τεκμήρια: φιλολογικά και διπλωματικά κείμενα, χρηστικά έργα, λεξικά, βιβλιογραφικά δελτία, κατάλογοι χειρογράφων, συνθετικά εγχειρίδια, ερευνητικές εργασίες, σπάνια έντυπα, φωτογραφικά αντίγραφα «δυσπρόσιτων» άρθρων και περιοδικών κ.λπ. Επιπλέον, το ίδιο έτος ο καθηγητής φυτοπαθολογίας Ιωάννης Σαρεγιάννης (1898–1962), μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου (ΔΣ) του ΕΙΕ από την ίδρυσή του, κληροδότησε τη «φιλολογική του βιβλιοθήκη» (4.866 τίτλους) στη Βιβλιοθήκη του ΤΝΕ.

Κατά τη διάρκεια του 1963, βιβλία και περιοδικά συνέχισαν να εισρέουν στα δύο Κέντρα, αυξάνοντας περαιτέρω το μέγεθος της ενιαίας Βιβλιοθήκης. Ανάμεσα σε αυτά συγκαταλέγονταν και σημαντικές δωρεές όπως της Γενναδείου Βιβλιοθήκης και βιβλία των συλλογών του Γ.Π. Σαββίδη και του Ι.Θ. Δημαρά. Στην έκθεση πεπραγμένων του ΤΝΕ που δημοσιεύθηκε στην Επετηρίδα του ίδιου χρόνου γινόταν αναφορά στο χαρακτήρα που επιδίωκε να λάβει η Βιβλιοθήκη του ΤΝΕ: «να μην αποτελέση επανάληψιν των λαμπρών συλλογών αι οποίαι εις βραχείαν από του Κέντρου απόστασιν προσφέρονται εις την έρευναν: της Γενναδείου και της Βιβλιοθήκης της Βουλής». Αντίθετα, στόχος της νέας Βιβλιοθήκης ήταν η συγκέντρωση των τμημάτων εκείνων της διεθνούς βιβλιογραφίας που δεν υπήρχαν επαρκώς στις υπόλοιπες αθηναϊκές βιβλιοθήκες και τα οποία θα εξυπηρετούσαν τις ανάγκες μιας «συγκριτικής φιλολογίας» που θα είχε τη βάση της σε ξένες γραμματείες που στάθηκαν ιδιαίτερα οικείες σε διαφορετικές χρονικές περιόδους με την ελληνική. Αποτέλεσμα αυτής της στόχευσης ήταν η συγκρότηση σε σύντομο χρονικό διάστημα ενός πυρήνα συγκριτικής βιβλιοθήκης, η οποία περιελάμβανε α) βασικά βοηθήματα της επιστήμης (E. Legrand, Κ. Σάθας, Γ. Ζαβίρας κ.λπ.), β) σημαντικά πρόσφατα ή παλαιά έργα αναφερόμενα στον ιταλικό 17ο και τον γαλλικό 18ο αιώνα και γ) ελληνικά έντυπα που δεν ήταν εύκολα προσιτά στης υπόλοιπες δημόσιες βιβλιοθήκες.

Το 1964 το ΤΒΕ έδωσε ιδιαίτερη βαρύτητα στον εμπλουτισμό των συλλογών του με παλαιότερα και νεότερα δημοσιεύματα προερχόμενα από την Ρωσία και τις άλλες σλαβικές χώρες. Μεταξύ των περιοδικών που αποκτήθηκαν ήταν οι 32 τόμοι –σε μορφή μικροταινίας– του σπάνιου ρωσικού περιοδικού Πραγματείαι της εν Οδησσώ Εταιρείας Ιστορίας και Αρχαιοτήτων (Zapiski Odesskago Obscestva Istorii I Drevnostej). Όλα τα ξενόγλωσσα περιοδικά που αφορούσαν το ΚΒΕ μεταφέρθηκαν στην υπό συγκρότηση Βιβλιοθήκη των Περιοδικών του ΕΙΕ. Όσον αφορά, το υπόλοιπο τμήμα της Βιβλιοθήκης, αυτό του ΤΝΕ, έγινε αποδέκτης δύο σημαντικών δωρεών εκείνη την περίοδο⸱ η Ελένη χήρα Μ. Τομπάζη δώρισε στο ΤΝΕ το σπάνιο λεύκωμα Μακρυγιάννη, ενώ η οικογένεια Σγουρδαίου πρόσφερε πολλά και αξιόλογα βιβλία και περιοδικά, όπως η πλήρης σειρά του περιοδικού Revue des Deux Mondes. Βιβλία δώρισαν ακόμα οι Α. Δημάκος, Αχ. Χαιρέτης και Ν. Καραβίας.    

Και κατά την επόμενη διετία (1965–1966) οι βυζαντινές συλλογές εμπλουτίσθηκαν με φιλολογικά και διπλωματικά κείμενα, χρηστικά έργα, λεξικά, βιβλιογραφικά δελτία, καταλόγους χειρογράφων κ.ά., ενώ συνεχίστηκαν οι προσπάθειες για την απόκτηση σλαβικών δημοσιευμάτων από το ΤΒΕ. Όσο για τη βιβλιοθήκη του ΤΝΕ, εμπλουτίστηκε από αγορές και δωρεές βιβλίων. Ανάμεσα στις δωρεές ξεχώρισαν αυτές του Χρ. Καρούζου, του Α. Δημάκου και του Θ. Γεωργακόπουλου, ενώ βιβλία προσέφεραν εκ νέου ο Ν. Καραβίας και οι κληρονόμοι Σγουρδαίου.

Το 1967 αποτέλεσε μεταβατική χρονιά για το Ίδρυμα και τα Κέντρα Ερευνών του, καθώς πραγματοποιήθηκε η σταδιακή μεταφορά τους από το νοικιασμένο κτίριο (Βασιλίσσης Σοφίας 4) σε ιδιόκτητο κτίριο το οποίο ανεγέρθηκε στο τετράγωνο που αρχικά στεγάζονταν οι στάβλοι της Ύλης της Ευζωνικής Φρουράς και στη συνέχεια ο χώρος στάθμευσης των αυτοκινήτων της ιδίας αρχής. Το οικόπεδο του κτιρίου του ΕΙΕ περιβάλλεται από τη λεωφόρο Βασιλέως Κωνσταντίνου, τη Βασιλέως Γεωργίου και τη Ριζάρη.

Ως απόρροια αυτής της εξέλιξης, οι κανονικές δραστηριότητες της Βιβλιοθήκης του ΤΝΕ (π.χ. κατάρτιση Καταλόγου εισαγόμενων εντύπων, κυκλοφορία δελτίου «Επιτομών» όπου καταχωρίζονταν λήμματα από όλα τα περιοδικά σχετικά με θέματα ελληνικού ενδιαφέροντος ή μεθοδολογικά) ανεστάλησαν για αρκετούς μήνες. Παρ’ όλα αυτά, το Κέντρο, πλήρως εναρμονιζόμενο με την κατευθυντήρια γραμμή της δημιουργίας μιας ερευνητικής βιβλιοθήκης που δεν θα επικαλυπτόταν από τις ήδη υπάρχουσες, εξακολούθησε να προβαίνει σε αγορές ελληνικής και ξένης βιβλιογραφίας σε συνάφεια με τις εργασίες των ερευνητών του ΤΝΕ. Παράλληλα, επωφελήθηκε σημαντικά από τη διάλυση τριών μεγάλων νεοελληνικών βιβλιοθηκών (του Π. Καλογερόπουλου, του Φ. Μιχαλόπουλου και του Α. Βερναρδάκη) και αρκετών μικρότερων, όπως η «εν Παρισίοις» Βιβλιοθήκη Δ. Βαλσαμίδη (Μίμη Βάλσα) και μέρος της βιβλιοθήκης του Γ. Αρβανιτίδη, καθώς πολλά από τα αντίτυπα των παραπάνω βιβλιοθηκών περιήλθαν στην κατοχή της. Αναφορικά δε με το έτερο τμήμα της Βιβλιοθήκης, αυτό του ΤΒΕ, στην έκθεση πεπραγμένων της περιόδου 1 Ιανουαρίου–31 Δεκεμβρίου 1967 δεν αναφέρεται κάποια σημαντική εξέλιξη πέραν της συνέχισης του εμπλουτισμού της με νέα αποκτήματα.

Η πορεία της ενιαίας Βιβλιοθήκης κινήθηκε και το 1968 σε παρεμφερή τροχιά με το 1967, όπως συνάγεται από τις εκθέσεις πεπραγμένων τω διευθυντών των δύο Κέντρων. Συγκεκριμένα, παρότι κατά το μεγαλύτερο μέρος του έτους οι εργασίες της βιβλιοθήκης του ΤΝΕ συνεχίστηκαν να βρίσκονται σε αναστολή λόγω της μετεγκατάστασης του ΕΙΕ –στις 25 Οκτωβρίου 1968 πραγματοποιήθηκε η παραλαβή του νέου κτιρίου–, ο εμπλουτισμός της δεν διεκόπη. Το ίδιο συνέβη και με το τμήμα της Βιβλιοθήκης της ΤΒΕ, το οποίο μεταξύ άλλων απέκτησε δύο αξιόλογες δωρεές προερχόμενες από τον καθηγητή Παν. Ζέπο και από τη σύζυγο του αρχιτέκτονα Σωτήρη Μαγιάση (1894–1966).

Από εκείνη τη χρονική στιγμή και μετά η έκδοση της ετήσιας Επετηρίδας του Ιδρύματος σταματάει, με συνέπεια να μην υπάρχει περιοδική ενημέρωση για την πορεία της Βιβλιοθήκης. Τα επόμενα στοιχεία για τη Βιβλιοθήκη αντλούνται από τις εκθέσεις εικοσαετίας (1960–1980) των δύο Κέντρων. Ιδιαίτερα στη λεπτομερέστερη έκθεση του ΤΝΕ επισημαίνεται ότι ο συνολικός αριθμός των βιβλίων της ενιαίας Βιβλιοθήκης είχε φτάσει το 1980 τους 20.000 τίτλους, καθιστώντας την σημαντικό ερευνητικό κέντρο για τις νεοελληνικές και βυζαντινές έρευνες. Τα βιβλία αυτά προήλθαν από αγορές και δωρεές άλλων πνευματικών ιδρυμάτων ή από συγγραφείς, λόγιους και βιβλιόφιλους, που αναφέρθηκαν προηγουμένως. Στις προσκτήσεις από δωρεές μετά το 1968, οι οποίες καταγράφονται στο βιβλίο εισαγωγής της βιβλιοθήκης του ΤΝΕ, ξεχωρίζουν αυτές των κληρονόμων του Γ.Ν. Πολίτη το 1973, του Αλέξανδρου Μπενάκη το 1979, του Θεόδωρου Αυθεντόπουλου το 1979 (το 1987 εκδόθηκε –βλ. «Βιβλιογραφία»– σε ανάτυπο ο Κατάλογος βιβλίων και περιοδικών της συγκεκριμένης δωρεάς) και της Λίνας Τσαλδάρη και της Ειρήνης Μαλάμου το 1980. Ειδικότερα σε σχέση με τη Βιβλιοθήκη του Αλέξανδρου Μπενάκη, ο Κατάλογος της, ο οποίος εκδόθηκε από το ΤΝΕ του ΕΙΕ το 1978 (βλ. «Βιβλιογραφία»), περιλαμβάνει 1.494 τίτλους βιβλίων, 230 εκ των οποίων αναφέρονται στη Σμύρνη και γενικότερα στη Μικρά Ασία, ενώ εμπεριέχονται ακόμα ποικίλα αυτόγραφα ιστορικοφιλολογικά κείμενα του δωρητή της.

Παρά το γεγονός ότι δεν γίνεται ξεχωριστή αναφορά στον αριθμό των περιοδικών που είχε στην κτήση της έως το 1980 η βιβλιοθήκη του ΤΝΕ, διατυπώνεται στην έκθεση ότι στη Βιβλιοθήκη Περιοδικών του ΕΙΕ συμποσούνταν μέχρι το 1980 280 περιοδικά για τις ανθρωπιστικές σπουδές από 22 χώρες. Ένα ακόμα ενδιαφέρον στοιχείο που βρίσκεται στην έκθεση της πρώτης εικοσαετίας του ΤΝΕ είναι ότι εκτός από τον αλφαβητικό κατά συγγραφέα δελτιοκατάλογο, σχηματίστηκαν ακόμα δύο ταξινομικοί κατάλογοι για την καλύτερη δυνατή τεκμηρίωση των ερευνητικών εντύπων. Πρόκειται για τον θεματικό κατάλογο και τον χρονολογικό, ο οποίος αφορούσε τα ελληνικά έντυπα της βιβλιοθήκης. Σχετικά με τα έντυπα του ΤΒΕ, η μοναδική πληροφορία που απορρέει από την αντίστοιχη έκθεση είναι ότι διαιρούνταν σε τρεις ενότητες: τις πηγές, τα βοηθήματα (κυρίως ξενόγλωσσα) και τα ειδικά βυζαντινολογικά περιοδικά. Τέλος και στις δύο βιβλιοθήκες που συγκροτούν τη Βιβλιοθήκη «Δ.Α. Ζακυθηνού» περιέχονταν μικροταινίες (μικροφίλμ) από ερευνητικές αποστολές των Κέντρων σε βιβλιοθήκες και αρχεία (έχουν εκδοθεί και οι σχετικοί κατάλογοι), καθώς και από παραγγελίες τεκμηρίων των ερευνητών τους από βιβλιοθήκες, αρχεία και ιδιωτικές συλλογές της Ελλάδας και του εξωτερικού.

Το 1992, δώδεκα χρόνια μετά τη δημοσίευση των εκθέσεων της περιόδου 1960–1980, εκδόθηκαν από το ΤΒΕ και το ΤΝΕ εκθέσεις πεπραγμένων για την περίοδο 1981–1991. Σ’ αυτές αναφέρεται ότι η κοινή Βιβλιοθήκη αριθμούσε 25.000 τίτλους (βιβλία, φυλλάδια και περιοδικά), με τη διευκρίνιση ότι στον αριθμό αυτό δεν περιλαμβάνονταν οι σειρές των περιοδικών των ανθρωπιστικών επιστημών, οι οποίες ανήκουν στην Κεντρική Βιβλιοθήκη (των Περιοδικών) του ΕΙΕ. Επισημαίνεται επίσης ότι το ΤΒΕ διαθέτει πλούσιο αρχείο μικροταινιών, προϊόν μικροφωτογράφισης ποικίλων εγγράφων και χειρογράφων –βυζαντινών και  μεταβυζαντινών– από βιβλιοθήκες και αρχεία του ελληνικού χώρου (Πάτμος, Άγιο Όρος, Επτάνησα κ.α.), τόπων του μείζονος ελληνισμού (Αλεξάνδρεια, Κωνσταντινούπολη, Μονή Σινά), καθώς και χωρών του εξωτερικού. Η μικροταινιοθήκη του ΤΒΕ αλλά και του ΤΝΕ συνέχισε να εμπλουτίζεται τα επόμενα χρόνια βοηθώντας τους επιστήμονες των δύο Κέντρων στην ερευνητική τους εργασία.  

Το 2008 το ΕΙΕ γιόρτασε το ιωβηλαίο του, προχωρώντας σε εορταστικές εκδηλώσεις και την έκδοση επετειακού τόμου ο οποίος περιείχε αναλυτική παρουσίαση των Ερευνητικών του Κέντρων, απολογιστικά στοιχεία και προτάσεις για τη μελλοντική ανάπτυξη τους. Σύμφωνα με τα στοιχεία της έκδοσης, η Βιβλιοθήκη «Δ.Α. Ζακυθηνού» περιελάμβανε 34.000 τίτλους βιβλίων και 1.100 τίτλους περιοδικών. Ακόμη διέθετε αρχείο μικροταινιών ελληνικών εντύπων (15ος–19ος), στην οποία συγκαταλεγόταν μεγάλο μέρος των εντύπων της περιόδου της τουρκοκρατίας.

Με βάση τα επικαιροποιημένα σημερινά στοιχεία, η Βιβλιοθήκη αριθμεί 42.000 τίτλους βιβλίων, φυλλαδίων, περιοδικών, χαρτών και οπτικοακουστικού υλικού. Η συλλογή των τεκμηρίων στο σύνολό της καλύπτει αναλυτικά τις εξής θεματικές: Ιστορία Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, Νέου Ελληνισμού, Λατινικής Δύσης, Σερβικών Λαών, Ευρώπης, Βαλκανικών Χωρών, Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, Ελληνισμού της Διασποράς, Αρχιτεκτονική, Επιγραφική, Νομισματική, Τέχνη Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή, Εκκλησιαστική Ιστορία, Ελληνική Φιλολογία, Συγκριτική Φιλολογία, Κοινωνική Ιστορία, Οικονομική Ιστορία, Πολιτική και Διπλωματική Ιστορία, Πολιτισμική Ιστορία.

Η Βιβλιοθήκη «Ζακυθηνού» διαθέτει ηλεκτρονικό κατάλογο (σύστημα αυτοματισμού βιβλιοθηκών ΕΚΤ–ΑΒΕΚΤ), μέσω του οποίου μπορεί κανείς να εντοπίσει όλα τα τεκμήρια της συλλογής της. Επίσης, ξεχωριστά τα δύο Κέντρα διαθέτουν ψηφιοποιημένα ερευνητικά προγράμματα και βάσεις δεδομένων, τα οποία μπορεί κανείς να αναζητήσει μέσω της ιστοσελίδας του Ινστιτούτου Ιστορικών Ερευνών. Ειδικότερα σε σχέση με τις συλλογές του ΤΝΕ, το Κέντρο, παρά το γεγονός ότι δεν είχε ως ιδρυτικό στόχο τη συγκέντρωση πρωτότυπου αρχειακού υλικού μέσω αγορών, έφτασε να διαθέτει ενδιαφέρουσες αρχειακές συλλογές που προήλθαν από δωρεές. Οι ιδιωτικές αυτές συλλογές, λίγων χειρόγραφων κωδίκων (έχουν καταλογογραφηθεί και έχει εκδοθεί ο κατάλογος τους —βλ. «Βιβλιογραφία») και κυρίως εγγράφων, αρχικώς ταξινομήθηκαν και καταλογογραφήθηκαν από τους ερευνητές του ΤΝΕ και στη συνέχεια, αφού επεξεργάστηκαν, απέφεραν επιστημονικές μελέτες και δημοσιεύματα. Ορισμένες από αυτές τις αρχειακές μονάδες, το υλικό πολλών εκ των οποίων έχει εκδοθεί σε καταλόγους, είναι το Αρχείο Ανδρέα Λουριώτη (1.300 έγγραφα των ετών 1809–1835), το Αρχείο Ιάκωβου Ρώτα (με ενδιαφέρουσες επιστολές σχετικά με τη διαχείριση των κληρονομικών υποθέσεων του Α. Κοραή κ.ά.), το Αρχείο Κ. Σχινά – Π. Αργυρόπουλου (145 έγγραφα των ετών 1823–1880), το Αρχείο Καραθεοδωρή (2.556 έγγραφα των ετών 1816–1906) κ.λπ.  

Βιβλιοθήκη Τομέα Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος. Το Κέντρο Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος (ΚΕΡΑ) ιδρύθηκε με απόφαση του ΔΣ του ΕΙΕ το 1975, ωστόσο μόλις το 1979 ξεκίνησε τη λειτουργία του με την πρόσληψη των δύο πρώτων ερευνητών. Σύμφωνα με την έκδοση του ιωβηλαίου του ΕΙΕ, αναφορά για την οποία έγινε σε προηγούμενο σημείο, το ΚΕΡΑ δημιούργησε σταδιακά μια χρηστική βιβλιοθήκη 11.000 τόμων (μέχρι το 2008), προσανατολισμένη στη μελέτη της αρχαίας Ελλάδας, που διαρθρώνεται μέσα από τρεις ερευνητικές κατευθύνσεις–προγράμματα του Τομέα (όπως πλέον έχει μετονομαστεί το Κέντρο): το Πρόγραμμα Βορείου Ελλάδος, το Πρόγραμμα Οικονομία και Κοινωνία στην Ελληνιστική και Ρωμαϊκή Εποχή και το Πρόγραμμα Ελληνικός Κόσμος και Ανατολή.

Σήμερα η Βιβλιοθήκη του ΤΕΡΑ έχει στην κατοχή της περίπου 13.000 τεκμήρια (βιβλία, φυλλάδια, περιοδικά). Ο εμπλουτισμός της συλλογής πραγματοποιείται κυρίως από αγορές, καθώς και μέσω ενός εκτεταμένου δικτύου ανταλλαγών με ερευνητικά κέντρα και πανεπιστήμια στην Ελλάδα και το εξωτερικό, ξένες αρχαιολογικές σχολές κ.λπ. Η Βιβλιοθήκη του ΤΕΡΑ, ομοίως με αυτές του ΤΝΕ και του ΤΒΕ, διαθέτει ηλεκτρονικό κατάλογο, ενώ ψηφιακές συλλογές και βάσεις δεδομένων και των τριών Κέντρων περιλαμβάνονται στο ψηφιακό πρόγραμμα «Πανδέκτης: Ψηφιακός Θησαυρός Πρωτογενών Τεκμηρίων Ελληνικής Ιστορίας και Πολιτισμού», υλοποιούμενο με πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του ελληνικού Δημοσίου. Πρόκειται για συλλογές από τα Ινστιτούτα Νεοελληνικών Ερευνών, Βυζαντινών Ερευνών, και Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος, που ψηφιοποιήθηκαν και διατίθενται ψηφιακά από το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης.

Τέλος, ο ΤΕΡΑ έχει συγκεντρώσει σημαντικά τεκμηριωτικά σύνολα, των οποίων η επεξεργασία έχει αποδώσει σημαντικές ερευνητικές εργασίες. Οι συλλογές του ΤΕΡΑ είναι οι εξής: α) το Αρχείο δημοσιευμάτων αναφερομένων στην ιστορία και αρχαιολογία της αρχαίας Μακεδονίας και Θράκης, της Ηπείρου, της Θεσσαλίας, καθώς και της Πελοποννήσου και νήσων του Αιγαίου κατά την Ρωμαιοκρατία⸱ β) το Αρχείο των ελληνικών και λατινικών επιγραφών της Μακεδονίας και Θράκης⸱ γ) το Νομισματικό Αρχείο της Μακεδονίας, της Αχαΐας και νήσων του Αιγαίου⸱ δ) το Αρχείο ελληνικών και λατινικών επιγραφών της νοτίου Eλλάδος και ε) το Αρχείο αρχαιολογικών θέσεων Αχαΐας και Kέας.

Κατάλογοι της Βιβλιοθήκης  

Αρχείο μικροταινιών [ΙΒΕ], βοήθημα, 1980.

Βιβλιοθήκη Ι. Α. Σαρεγιάννη – Κατάλογος, Αθήνα, Κέντρο Νεοελληνικών Ερευνών ΕΙΕ – 10, 1970.

Βιβλιοθήκη Αλέξανδρου Θ. Μπενάκη – Κατάλογος, επιμ. Γιάννης Καράς, Αθήνα, Κέντρο Νεοελληνικών Ερευνών ΕΙΕ – 21, 1978.

Έντυπα [1961]: Α΄. Περιοδικά, Β΄. Βοηθητικά, Γ΄. Διάφορα, Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών του Βασιλικού Ιδρύματος Ερευνών, 1962.

Έντυπα Β΄. 1962: 1. Περιοδικά, 2. Βοηθητικά, 3. Χειρόγραφα και Αρχεία, 4. Διάφορα, Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών του Βασιλικού Ιδρύματος Ερευνών, 1963.

Επιλογή Εισαχθέντων Εντύπων, τ. Γ΄, 1963, Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών ΒΙΕ, 1965.

Επιλογή Εισαχθέντων Εντύπων, τ. Δ΄, 1964, Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών ΒΙΕ, 1966.

Κατάλογος Εισαχθέντων Εντύπων 1973, επιμ. Ειρήνη Μάνδηλα, Αθήνα, Εθνικόν Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρον Βυζαντινών Ερευνών / Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών, 1974.

Κατάλογος Εισαχθέντων Εντύπων 1974, επιμ. Ειρήνη Μάνδηλα, Αθήνα, Εθνικόν Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρον Βυζαντινών Ερευνών / Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών, 1975.

Κατάλογος Ημερολογίων, επιμ. Ειρήνη Μάνδηλα, Αθήνα, Εθνικόν Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών, 1975. 

Κατάλογος Μικροταινιοθήκης: φωτογραφήσεις εγγράφων, καταστίχων, χειρογράφων, εντύπων και προσωπογραφιών 1960–1980, επιμ. Τ.Ε. Σκλαβενίτης, Τετράδια Εργασίας, 1 (1982), Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.

Κριαράκη, Κωνσταντίνα, Κατάλογος Βιβλίων και Περιοδικών Δωρεάς Θεοδώρου Αυθεντόπουλου στο ΚΝΕ / ΕΙΕ, Τετράδια Εργασίας, Ανάτυπο, τ. 13, Αθήνα, Κέντρο Νεοελληνικών Ερευνών ΕΙΕ, 1987.

Ρέγκου-Σγουρού, Ευγενία, «Περιγραφή των χειρογράφων του Κέντρου Νεοελληνικών Ερευνών του ΒΙΕ», Ο Ερανιστής, 1 (1963), σ. 238-242.

Τα χειρόγραφα της συλλογής ΚΝΕ του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών – Τα χειρόγραφα της συλλογής ΚΝΕ του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, επιμ. Μάχη Παΐζη-Αποστολοπούλου, Αθήνα 2008.

Βιβλιογραφία για τη Βιβλιοθήκη

«Βιβλιοθήκη», Έκθεση εικοσαετίας 1960–1980, Αθήνα, Κέντρον Νεοελληνικών Ερευνών Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, 1980, σ. 19–25.

«Βιβλιοθήκη», Σύνοψη Πεπραγμένων 1960–1980 – Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών, Αθήνα, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών, 1980, σ. 17.

«Βιβλιοθήκη – Αρχείο Μικροταινιών», Σύνοψη Πεπραγμένων 1981–1991 – Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών, Αθήνα, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών, 1992, σ. 51.

«Index Catalogue – Microfilm library», National Hellenic Research Foundation (NHRF) / Institute of Historical Research – Report 1981–1991, 1992, σ. 43.  

Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών 1958–2008. Ίδρυση – πορεία – προοπτικές, επιμ. Τριαντάφυλλος Ε. Σκλαβενίτης, Αθήνα, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, 2008.

Έκθεση Πεπραγμένων 1981–1991, Κέντρο Νεοελληνικών Ερευνών ΕΙΕ, 1992.

Επετηρίς, τ. 1, 1959, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1960, σ. XXV.

Επετηρίς, τ. 3, 1961, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1962, σ. 75, 95.

Επετηρίς, τ. 4, 1962, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1963, σ. 59, 81, 109–115.

Επετηρίς, τ. 5, 1963, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1964, σ. 69, 93–95.

Επετηρίς, τ. 6, 1964, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1965, σ. 73, 99–101.

Επετηρίς, τ. 7, 1965, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1966, σ. 79, 97–98.

Επετηρίς, τ. 8, 1966, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1967, σ. 97–99.

Επετηρίς, τ. 9, 1967, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1968, σ. 71, 93–95.

Επετηρίς, τ. 10. 1968, Αθήνα, Βασιλικόν Ίδρυμα Ερευνών (ΒΙΕ), 1969, σ. 65, 93–95.

Μοναστηριακά Αρχεία. Έγγραφα Αγίου όρους και Πάτμου. Ψηφιοποιημένες Συλλογές. Πρόγραμμα Κοινωνία της Πληροφορίας, Έργο ΠΑΝΔΕΚΤΗΣ – ΙΕΡΑ, ΙΒΕ, ΙΝΕ και ΕΚΤ–ΕΙΕ, Αθήνα, Ινστιτούτο Βυζαντινών Ερευνών Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, 2007.

Νεοελληνικοί «φάκελοι» στο Διαδίκτυο. Βάσεις Δεδομένων και Ψηφιοποιημένες Συλλογές, Πρόγραμμα Κοινωνίας της Πληροφορίας, Έργο ΠΑΝΔΕΚΤΗΣ – ΙΕΡΑ, ΙΒΕ, ΙΝΕ και ΕΚΤ–ΕΙΕ, Αθήνα, Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, 2007.