Η βιβλιοθήκη του Αγίου Μάρκου έπαιξε ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο στην πνευματική ζωή της Φλωρεντίας κατά την περίοδο της ανάδειξης της πόλης ως κατεξοχήν κέντρου του ουμανισμού. Ας μνημονεύσουμε εδώ και την ανεκτίμητη συλλογή του  Νικκολό ντε Νίκκολι που στεγάστηκε εκεί μαζί με άλλες πλούσιες συλλογές της μονής.

Το παλαιό μοναστήρι των Σιλβεστρίνων του Αγίου Μάρκου παραχωρήθηκε στους δομινικανούς Τηρητές του Κανονισμού (Osservanti) με βούλα του πάπα Ευγένιου Δ΄ το 1436 και αμέσως εγκαταστάθηκαν εκεί μοναχοί από τον Άγιο Δομίνικο του Φιέζολε. Το υπάρχον συγκρότημα έχρηζε ουσιαστικής συντήρησης και η ανάπλασή του τοποθετείται δύο χρόνια αργότερα με τη χορηγία του Κοσμά των Μεδίκων και του αδελφού του Λαυρέντιου. Οι εργασίες δηλαδή άρχισαν το 1438 με την ανάπλαση του παλαιού κοιτώνα. Η χρονολογία όμως έναρξης της οικοδόμησης του χώρου της βιβλιοθήκης δεν τεκμηριώνεται από τις πηγές αλλά μαρτυρείται από τον Λαπατσίνι πως το κτίσμα ολοκληρώθηκε το 1443. Η βιβλιοθήκη αυτή δεν μακροημέρευσε, καταστράφηκε από τον σεισμό του 1453 και αποκαταστάθηκε στην αρχική της μορφή μόλις το 1457· τότε ακριβώς που στο βορειότερο τμήμα της προστέθηκε ένα μικρό δωμάτιο το οποίο χρησίμευε ως ελληνική βιβλιοθήκη.

Η αρχιτεκτονική της κυρίως αίθουσας. Η αίθουσα της βιβλιοθήκης καταλαμβάνει τον όροφο του κτίσματος στην ανατολική πτέρυγα του περιστυλίου του Αγίου Δομίνικου και εκτείνεται βόρεια από τον άξονα των  κοιτώνων που περιβάλλουν το περιστύλιο του Αγίου Αντωνίου. Η αίθουσα, διαστάσεων 45×10,45 μ., χωρίζεται σε τρία κλίτη με δύο σειρές έντεκα κιόνων ιωνικού ρυθμού. Οι βάσεις των κιόνων, τα κιονόκρανα, οι ακμές της τοξοστοιχίας και οι κορνίζες που ορίζουν τον κεντρικό κυλινδρικό θόλο κατασκευάστηκαν από pietra serena (γκρίζος ψαμμίτης), δημιουργώντας αντιθέσεις με το λευκό στούκο της επιτοίχιας επιφάνειας και τους θόλους, σύμφωνα με το τυπικό φλωρεντινό αρχιτεκτονικό ύφος. Μια σειρά από μικρά υαλοστάσια είχαν ανοιχθεί στον άξονα κάθε φατνώματος που δημιουργούσαν οι κίονες οι οποίοι όριζαν τα κλίτη.

Η σημερινή της μορφή αντιπροσωπεύει την αποκατάσταση της βιβλιοθήκης μετά τις ζημιές που προξενήθηκαν από τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο. Τον εξοπλισμό της αίθουσας αποτελούσαν 64 έδρανα από ξύλο κυπαρισσιού, στα οποία ήταν δεμένοι με αλυσίδα οι κώδικες. Ο σχεδιασμός της βιβλιοθήκης του Αγίου Μάρκου υπήρξε το κατεξοχήν διακριτικό των βιβλιοθηκών της Ιταλίας σε σχέση με τις άλλες του Βορρά.