Η Υπατία γεννήθηκε περίπου το 355 και πατέρας της ήταν ο φιλόσοφος και γεωμέτρης Θέων, ο οποίος άρχισε να διδάσκει στην Αλεξάνδρεια περίπου την εποχή της γέννησής της. Σπούδασε κοντά του λαμβάνοντας ιδιαίτερα επιμελημένη εκπαίδευση, και δεν αποκλείεται να υποστήριξε το διδακτικό του έργο στη σχολή που πιθανολογείται ότι είχε ανοίξει.

Με τα χρόνια η Υπατία ανέλαβε τη διεύθυνση και τη λειτουργία της σχολής και από τη δεκαετία του 390 ο Θέων έπαψε να μαρτυρείται στις ιστορικές πηγές. Η διδασκαλία της, γοήτευε πλήθος μαθητών διαμορφώνοντας έναν κύκλο, στον οποίο περιλαμβάνονταν πολλοί χριστιανοί, αρκετοί από τους οποίους μάλιστα δεν ήταν αυτόχθονες, αλλά ταξίδευαν από τη Συρία, την Άνω Αίγυπτο, την Κυρήνη και αλλού για να φοιτήσουν στην Αλεξάνδρεια.

Φέρεται ως συγγραφέας πλήθους έργων, από τα οποία δυστυχώς δεν σώζεται κανένα. Κατά τις μαρτυρίες του Συνέσιου, η διδασκαλία της Υπατίας αναδείκνυε τη φιλοσοφία ως θρησκευτικό μυστήριο, μέσα από το οποίο αποκαλύπτονται απόκρυφες αλήθειες που οδηγούν στο θείο. Αντίθετα με τη θεουργική διδαχή του Ιάμβλιχου, οι μαθητές της διδάσκονταν να πειθαρχούν τον νου, ώστε να προσεγγίζουν το θείο υπό πλήρη έλεγχο. Αξιοσημείωτο είναι ότι η διδασκαλία της ανταποκρίθηκε στις προσδοκίες τόσο των χριστιανών όσο και των ειδωλολατρών μαθητών της, γεγονός που αύξησε εντυπωσιακά τη δημοτικότητά της. Μέσα σε ένα καθαρά χριστιανικό περιβάλλον, για να εξασφαλίσει τη συνέχιση λειτουργίας της σχολής, αναγκάστηκε να αναζητήσει ισχυρούς προστάτες, πράγμα που, καθώς πληροφορούμαστε από τον Δαμάσκιο, κατόρθωσε περίτρανα, αφού οι κυβερνήτες της Αλεξάνδρειας κάθε φορά που εισέρχονταν στην πόλη έσπευδαν πρώτα να υποβάλουν τα σέβη τους στην Υπατία. Το ήρεμο σκηνικό στην Αλεξάνδρεια άρχισε να μεταβάλλεται με την αναρρίχηση του Θεόφιλου στον επισκοπικό θρόνο (385–412). Μολονότι ο στόχος του νέου επισκόπου ήταν οι νεοπλατωνικοί, σεβάστηκε τόσο τη σχολή της Υπατίας όσο και τον κύκλο της. Η κατάσταση άλλαξε άρδην με τον θάνατο του Θεόφιλου (412), όταν ο διάδοχός του Κύριλλος προέβη σε πράξεις αντεκδίκησης εναντίον των νοβατιανών (εκκλησιαστικής απόσχισης) αρχικά, και των εβραίων στη συνέχεια, ενώ λίγο αργότερα στράφηκε κατά της Υπατίας, τη φήμη της οποίας υπέσκαπτε στα εξέχοντα μέλη της χριστιανικής κοινωνίας στην Αλεξάνδρεια, χαρακτηρίζοντάς την, μεταξύ άλλων, και μάγισσα. Ο ιστορικός και επίσκοπος Ιωάννης ο Νικίου καταγράφει το περιστατικό της θανάτωσής της το 412, ως εξής: «Την αποκαθήλωσαν» από το κάθισμα της, την οδήγησαν στη μεγάλη εκκλησία, την αποκαλούμενη Καισαρείον, της έσχισαν τα ρούχα και την έσυραν στους δρόμους μέχρι θανάτου. Τη μετέφεραν σε μία τοποθεσία ονομαζόμενη Κίναρον και έκαψαν το σώμα της, ενώ το πλήθος περιτριγύριζε τον πατριάρχη Κύριλλο αποκαλώντας τον «νέο Θεόφιλο», γιατί είχε καταστρέψει τα απομεινάρια της ειδωλολατρίας στην πόλη.

Κ.Σπ. Στάικος, Η Ιστορία της Βιβλιοθήκης στον Δυτικό Πολιτισμό, Από τον Μέγα Κωνσταντίνο έως τον Καρδινάλιο Βησσαρίωνα, τόμ. ΙΙΙ, Αθήνα, ΑΤΩΝ, 2016, 134–136.