Θέση. Η μονή Φιλοθέου βρίσκεται στο μέσον περίπου της προς ανατολάς ακτής της αθωνικής χερσονήσου, κτισμένη σε καστανόφυτο οροπέδιο της βορειοανατολικής πλευράς σε υψόμετρο 330 περίπου μέτρων, ανάμεσα στη μονή Καρακάλλου και το Κάθισμα του Μυλοποτάμου. Είναι αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Το μοναστηριακό συγκρότημα εμφανίζει τη συνήθη, σχεδόν τετράγωνη, κάτοψη, με το καθολικό στη μέση και την τράπεζα στα δυτικά του, ενσωματωμένη στην αντίστοιχη πτέρυγα της μονής.
Στην ιεραρχική τάξη των είκοσι αγιορειτικών μονών, η Φιλοθέου κατέχει από το 1574 τη δωδέκατη θέση.
Ίδρυση και εξέλιξη. Στη σημερινή θέση της μονής Φιλοθέου υπήρχε σύμφωνα με την παράδοση Ασκληπιείο, το οποίο είχε ιδρύσει ο Μ. Κωνσταντίνος
(323–337). Κατά τον 9ο αιώνα ένας μοναχός, ονόματι Ξενοφών, φαίνεται πως ασκήτεψε στην τοποθεσία. Ο Γεράσιμος Σμυρνάκης (1862–1935) αναφέρει πως στη θέση αυτή προϋπήρχε μονύδριο, που ήδη από το 868 ονομαζόταν Φιλοθέου, χωρίς ο ισχυρισμός αυτός να επαληθεύεται από τις γραπτές πηγές. Έγγραφο της Μεγίστης Λαύρας του έτους 992 την κατονομάζει ως μονή της Πτέρης ή του Φιλοθέου.
Με το σημερινό της όνομα απαντά σε δύο ακόμη έγγραφα του Πρώτου Νικηφόρου των ετών 1015 και 1016, όπου ο τότε ηγούμενός της υπογράφει ως «Γεώργιος μοναχὸς καὶ ἡγούμενος Φιλοθέου» και ως «Γεώργιος, Μοναχὸς καὶ ἡγούμενος μονῆς τοῦ κυροῦ Φιλοθέου» αντίστοιχα, ενώ σε έγγραφο του 1017 τέσσερις φορές ταυτίζεται με τη μονή της Φτέρης: «Τῆς Πτέρης ἤγουν Φιλοθέου».
Από τα συγκεκριμένα έγγραφα, και από άλλα σχετικά, συνάγεται ότι ιδρύθηκε αρκετά χρόνια προ του 1015 από τον Φιλόθεο, σύγχρονο του Αθανάσιου Αθωνίτη (περ. 930–1000), ίσως μάλιστα στα τέλη του 10ου αιώνα. Με τα ιστορικά αυτά δεδομένα συμφωνεί κατά βάση και η παλαιά παράδοση που αποδίδει την ίδρυσή της στον Φιλόθεο σε συνεργασία με τους ασκητές Αρσένιο και Διονύσιο.
Από το 1051 έως το 1141 η μονή Φιλοθέου δεν αναφέρεται σε κανένα αρχειακό έγγραφο. Η παράδοση πως το πρώτο μεγάλο οικοδομικό πρόγραμμα 
του μοναστηριακού συγκροτήματος τοποθετείται στα έτη της βασιλείας του Νικηφόρου Γ´ Βοτανειάτη (1078–1081), που οι δωρεές του επέτρεψαν να συγκροτηθεί σε πραγματική μονή, υποστηρίζεται μόνον από μεταγενέστερες πηγές. Φαίνεται πως προέρχεται από τις αφηγήσεις για τη δωρεά στη μονή Φιλοθέου του μετοχίου του Προδρόμου στη Θάσο, που μαρτυρείται ωστόσο από τον 18ο αιώνα και μετά, αφενός από τον Ιγνάτιο Φιλοθεΐτη το 1796 (Κώδ. Φιλ. 89) και αφετέρου από τον Κώδ. Παντ. 281 του 19ου αιώνα.
Η απουσία τεκμηρίων υποδηλώνει πως η μονή είχε εγκαταλειφθεί. Η ύπαρξή της αναφέρεται και πάλι το 1141, όταν, με ηγούμενο τον Αρσένιο, ένα καινούριο κτίσμα εντάχθηκε στον χώρο της μονής —ο Αρσένιος περιλαμβάνεται στους κτίτορες της μονής.
Η πιθανότητα για μια δεύτερη περίοδο εγκατάλειψης προκύπτει από την απουσία σχετικών εγγράφων για περισσότερο από έναν αιώνα, από το 1169 μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 1280.
Κατά τη βασιλεία των Παλαιολόγων Ανδρονίκου Β΄ (1282–1328), Ανδρονίκου Γ΄ (1328–1341) και Ιωάννη Ε΄ (1341–1391) οι αυτοκράτορες επιδαψίλευαν στη μονή ιδιαίτερες φροντίδες, με επιχορηγήσεις που ανερχόταν σε δέκα μεγάλα τάλαντα. Επιπρόσθετα, κατακυρώθηκαν και οι κτήσεις της στη Θάσο, τις Σέρρες, την Καλαμαριά κ.α.
Νέα ώθηση έδωσε ο Θεοδόσιος (1300–1391), αδελφός του Διονυσίου, κτίτορα της ομώνυμης μονής. Ο Θεοδόσιος καταγόταν από την Κορυσό της Καστοριάς και σπούδασε στην Κωνσταντινούπολη, όπου και χειροτονήθηκε. Στη συνέχεια κατέφυγε στη μονή Φιλοθέου όπου το 1335 ψηφίστηκε ηγούμενός της. Το 1370 τον άρπαξαν πειρατές και πουλήθηκε σκλάβος στην Προύσα. Μετά από περιπέτειες έγινε μητροπολίτης Τραπεζούντας, καλεσμένος από τον Αλέξιο Γ΄ Κομνηνό (1349–εκεί 1390).
Τη μονή Φιλοθέου προσπάθησε να ενισχύσει με ανθρώπινο δυναμικό ο Στέφανος Δουσάν, όταν το 1346 εξέδωσε υπέρ αυτής χρυσόβουλο. Αποτέλεσμα της κίνησής του ήταν η προσέλευση στο μοναστήρι πολλών Βουλγάρων και Σέρβων μοναχών, οι οποίοι μετέτρεψαν τη μονή σε ιδιόρρυθμη. Σε έγγραφο της Συνάξεως το 1483 ο ηγούμενος της μονής υπέγραφε στα σλαβικά.
Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης και περί το 1480 η μονή Φιλοθέου διέρχεται περίοδο ερήμωσης. Σε ανάκαμψη οδηγήθηκε από τον Διονύσιο 
(άγιος Διονύσιος ο εν Ολύμπω, †1541), ο οποίος ανέλαβε την ηγουμενία της περί το 1500. Ο Διονύσιος είχε ξεκινήσει από τα Μετέωρα και προτού εγκαταβιώσει στη Φιλοθέου ήταν μοναχός στη γειτονική μονή Καρακάλλου. Η αντίδραση των σλαβόφωνων υπέρμαχων της ιδιορρυθμίας στις προσπάθειές του για τη μετατροπή της μονής σε κοινόβιο τον ανάγκασαν να αποχωρήσει και να καταφύγει αρχικά στη Βέροια, κατόπιν στα Ιεροσόλυμα και τέλος στον Όλυμπο (είναι ο πολιούχος άγιος του Λιτοχώρου Πιερίας), όπου ίδρυσε τη μονή Αγίας Τριάδος. Η δράση του ωστόσο είχε μόνιμα ευεργετικά αποτελέσματα. Επέβαλε τον κοινοβιακό τρόπο βιωτής και ξεκίνησε ευρύ ανακαινιστικό πρόγραμμα, βασισμένο σε δωρεές ευεργετών. Παράλληλα, επάνδρωσε τη μονή με νέους μοναχούς που έφερε από την Κωνσταντινούπολη και καθιέρωσε την ελληνική γλώσσα στις εκκλησιαστικές ακολουθίες.
Το 1533 η μονή Φιλοθέου, προκειμένου να αντιμετωπίσει τα χρέη της, που προέκυψαν προφανώς εξαιτίας της οθωμανικής κατάκτησης, αναγκάστηκε να πουλήσει έναντι 4.000 άσπρων στον έξαρχο Γρηγόριο Γηρομεριώτη το Κάθισμα του Σταυρονικήτα, που στη συνέχεια εξελίχθηκε σε κυρίαρχη μονή. Το 1541 πάλι παραχώρησε την επικαρπία εδαφικών εκτάσεων του μετοχίου της στη Θάσο σε χωρικούς. Επιπλέον, κατά τα τέλη του 16ου αιώνα επικυρώθηκε από το πατριαρχείο η πρότερη κυριότητα της μονής επί του Μυλοποτάμου και του Κραβάτου στη μονή της Λαύρας. Ακολούθησε η πτώχευσή της και το 1661 απαλλάχθηκε για τον λόγο αυτό από τη συδοσία προς την κοινότητα, μαζί με τις μονές Κωνσταμονίτου (Κασταμονίτου) και Αγίου Παντελεήμονος. Το 1666 είχε 50 μοναχούς.
Στους τελευταίους ευεργέτες της λογίζονται οι Ρώσοι τσάροι Μιχαήλ Θεοδώροβιτς (1642), που έδωσε άδεια εράνου ανά επταετία, και Ιωάννης Μαξίμοβιτς (1707), καθώς και οι ηγεμόνες των παραδουνάβιων ηγεμονιών Γρηγόριος Γκίκας (1747–1748) και Κωνσταντίνος Μαυροκορδάτος (1744–1748). Στους δύο τελευταίους οφείλεται η ανοικοδόμηση του καθολικού, που είχε καταρρεύσει το 1746.
Το καθολικό της μονής Φιλοθέου είναι αφιερωμένο στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Κτίστηκε στα θεμέλια παλαιότερου ναού και αρχιτεκτονικά ανήκει στον αγιορείτικο εγγεγραμμένο σταυροειδή ρυθμό. Στην ανέγερση (1746) και στην εικονογράφηση (1752) του καθολικού βοήθησαν οικονομικά οι ηγεμόνες Κωνσταντίνος Μαυροκορδάτος και Γρηγόριος Γκίκας με 6.600 άσπρα. Η εικονογράφηση είναι έργο των αδελφών Κωνσταντίνου και Αθανασίου από την Κορυτσά. Δεκατρία χρόνια μετά, το 1765, οι ίδιοι ιστόρησαν και τη λιτή. Το εικονοστάσιο είναι του 18ου αιώνα. Ο πύργος του κωδωνοστασίου είναι της ίδιας περιόδου (1764).
Για το παλαιό καθολικό γνωρίζουμε μόνο ότι ήταν στο τύπο της βασιλικής, το οποίο μάλιστα σχεδίασε ο Μπάρσκι δύο μόλις χρόνια πριν από την ανέγερση του νέου ναού, όταν πέρασε από τη μονή. Από τον ναό εκείνον διατηρήθηκε το τέμπλο, εμπλουτισμένο με φορητές εικόνες κρητικής τέχνης στο επιστύλιό του.
Το 1744 στη μονή Φιλοθέου αντιστοιχούσε χαράτσι προς τους Τούρκους 91 γρόσια. Το 1759 αδελφός της μονής έγινε ο Κοσμάς ο Αιτωλός, πρώην μαθητής της Αθωνιάδας Σχολής.
Κατά την απογραφή του 1808 οι μοναχοί της ήταν 60, από τους οποίους εντός ζούσαν οι 42.
Τον Σεπτέμβριο του 1871 πυρκαγιά κατέκαυσε το μεγαλύτερο μέρος των κτιρίων, εκτός του Καθολικού και της Βιβλιοθήκης. Εν μέρει διασώθηκε η Τράπεζα και μικρό τμήμα του διαβατικού της εισόδου, όπου εντοπίσθηκε επιγραφή με χρονολόγηση ˏζμη΄ (=1540). Οι εργασίες ανοικοδόμησης κράτησαν 20 χρόνια και εξάντλησαν τους πόρους της μονής προτού ολοκληρωθεί το έργο, αφού το μισό της βόρειας πτέρυγας έμεινε ασυμπλήρωτο. Από τον Μάρτιο του 1900 η Ιερά Κοινότητα ανέλαβε την κηδεμονία της μονής.
Από τη βυζαντινή μονή Φιλοθέου δεν σώζεται κάτι αυτοτελές στις ημέρες μας. Σποραδικά μόνο και χάρη στις πρόσφατες αναστηλωτικές εργασίες διακρίνονται κάποια στοιχεία που θα μπορούσαν να τοποθετηθούν στη βυζαντινή εποχή.
Το 1965 η μονή Φιλοθέου είχε μόλις 22 μοναχούς. Το 1973 επανδρώθηκε από τη συνοδεία του γέροντα Εφραίμ, μαθητή του Ιωσήφ του Σπηλαιώτη στη Νέα Σκήτη, που ήταν εγκατεστημένη στην Προβάτα, στο Κελλί του Αγίου Αρτεμίου. Τον Οκτώβριο της ίδιας χρονιάς επέστρεψε στο κοινοβιακό σύστημα με σιγίλιο του πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Δημητρίου Α΄.
Συνοδείες μοναχών από τη μονή Φιλοθέου επάνδρωσαν τις μονές Κωνσταμονίτου (Κασταμονίτου) (1979), Ξηροποτάμου (1980) και Καρακάλλου (1981).
Μεταξύ των μοναχών που κατά καιρούς εγκαταβίωσαν στη μονή Φιλοθέου συγκαταλέγονται ο αυστηρός ασκητής Συμεών, γνωστός ως «μονοχίτων και ανυπόδητος», με καταγωγή από το Βαθύρεμα Αγιάς, οι Δομέτιος και Δαμιανός από τα Άγραφα, ο Διονύσιος από το Φανάρι Καρδίτσας, ο Ευλόγιος Κουρίλας (1880–1961) από τα περίχωρα της Κορυτσάς.
Η τράπεζα. Η Τράπεζα, ενσωματωμένη στη δυτική πτέρυγα, στον πρώτο όροφο, θεωρείται από τα παλαιότερα κτίρια της μονής. Η κάτοψή της είναι ορθογώνια. Επεκτάθηκε κατά τον 16ο αιώνα με δαπάνη του Λεοντίου, βασιλέα της Καχετίας (σήμερα περιφέρεια της ανατολικής Γεωργίας), και του γιου του Αλεξάνδρου. Επιγραφή του 1540 μάλλον αναφέρεται στην ανακαίνιση του κτιρίου και όχι στην τοιχογράφησή του, η οποία, σύμφωνα με νεότερες μελέτες, τοποθετείται μεταξύ των ετών 1561–1574. Πρόκειται για αξιόλογες τοιχογραφίες, που δεν σώζονται όμως σε καλή κατάσταση, εξαιτίας της πυρκαγιάς του 1871. Φιλοτεχνήθηκαν σε μία φάση, αλλά από δύο ζωγράφους.
Μεταξύ καθολικού και τράπεζας βρίσκεται η φιάλη, κατασκευασμένη ολόκληρη από λευκό μάρμαρο. Οι τοιχογραφίες του θόλου της ανάγονται στα τέλη του 18ου αιώνα.
Φορητές εικόνες. Ως εφέστιες εικόνες της μονής θεωρούνται η Θεοτόκος Γλυκοφιλούσα και η Παναγία η Γερόντισσα. Η Γλυκοφιλούσα, αμφιπρόσωπη εικόνα με παράσταση Σταυρώσεως στην πίσω όψη, είναι τοποθετημένη στο αριστερό μαρμάρινο προσκυνητάρι του καθολικού. Η παράδοση της μονής τη θέλει προεικονομαχική και να καταφθάνει με θαυματουργικό τρόπο από την Κωνσταντινούπολη, καθώς η κάτοχός της πατρικία Βικτωρία την έριξε στη θάλασσα για να τη σώσει. Η Γερόντισσα είναι τοποθετημένη πίσω από τον αριστερό χορό. Και αυτή μεταφέρθηκε με θαυματουργικό τρόπο από τη Νιγρίτα Σερρών.
Στο καθολικό φυλάσσεται επίσης ορειχάλκινος σταυρός εκστρατείας μεγάλων διαστάσεων του 11ου αιώνα με παραστάσεις ιαματικών και στρατιωτικών αγίων.
Βιβλιοθήκη. Σήμερα η Βιβλιοθήκη καταλαμβάνει τον πρώτο όροφο της νεόδμητης βορειοδυτικής πτέρυγας, που ανεγέρθηκε σύμφωνα με τις σύγχρονες προδιαγραφές φύλαξης και διατήρησης (1992–1994). Η προηγούμενη θέση της ήταν στον πρώτο όροφο της μνημειακής εισόδου της μονής, που βρίσκεται στην ανατολική πτέρυγα, κάτω από το παρεκκλήσι των Πέντε Μαρτύρων.
Η παλαιότερη αναφορά στη Βιβλιοθήκη της μονής Φιλοθέου που έχει εντοπιστεί είναι του Κυριακού του Αγκωνίτη, ο οποίος επισκέφτηκε το μοναστήρι στις 22–29 Νοεμβρίου 1444 και σημείωσε πως είδε ένα αντίγραφο του σχολιασμού του Ευσταθίου στον Όμηρο («Εὐσταθίου μαΐστορος τῶν ῥητόρων καὶ ἐκκλησιαστικοῦ ἐπὶ τῶν δεήσεων τοῦ ὕστερον Θεσσαλονίκης, παρεκβολαὶ τῆς Ὁμήρου Ἰλιάδος»). O κώδικας αυτός δεν βρίσκεται πλέον στη Βιβλιοθήκη.
Για ύπαρξη βιβλιοθήκης μπορεί να γίνεται λόγος μόνο μετά την επανίδρυση της μονής από τον Αρσένιο, μετά δηλαδή το 1141. Ορισμένα λειτουργικά βιβλία του 12ου και του 13ου αιώνα που βρίσκονται στη Βιβλιοθήκη πιθανότατα αγοράστηκαν καινούρια τότε.
Παρακολουθώντας την ιστορία της διαπιστώνει κανείς πως η συλλογή βιβλίων από αγορές ή συγγραφή μεγάλωνε κάθε εκατό περίπου χρόνια μέχρι την οθωμανική κατάκτηση.
Η αρχική ώθηση λοιπόν για τη δημιουργία βιβλιοθήκης σχετίζεται με τον Αρσένιο (μέσα 12ου αι.), η ανακαίνισή της με τον άγιο Σάββα (αρχές 13ου αι.), και η συγκρότηση βιβλιογραφείου με τους μοναχούς Γεράσιμο και Ιγνάτιο (μέσα 14ου αι.). Κατά τον 14ο αιώνα η βιβλιοθήκη της μονής ενισχύθηκε χάρη στις δωρεές του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Β΄ Παλαιολόγου (πρώτο τέταρτο του 14ου αι.) και χάρη στην ηγουμενία του Θεοδοσίου (δεύτερο τέταρτο του 14ου αι.), αργότερα αρχιεπισκόπου Τραπεζούντας. Κατά τον 16ο αιώνα συγκροτείται το σκριπτόριο και το σχολείο των Καλλιπολιτών μοναχών Μαξίμου, Γαβριήλ και Μακαρίου, οι οποίοι συνδέονται με την ανανέωση της μονής ως ελληνικού κοινοβίου από τον ηγούμενο Διονύσιο, αργότερα γνωστό ως Διονύσιο εν Ολύμπω. Η παρουσία των Καλλιπολιτών μοναχών στη μονή συνδέθηκε και με την τοποθέτηση ως ηγουμένου στη Φιλοθέου ενός καλλιγράφου, του Καλλίνικου Διονυσιάτη.
Στη διαμόρφωση της αρχικής βιβλιοθήκης θα πρέπει να έπαιξαν ρόλο και τα επιστημονικά ενδιαφέροντα του ίδιου του Αρσενίου, ο οποίος ταυτίζεται με τον Φιλοθεΐτη συγγραφέα που συνέθεσε περί το 1150 το κανονολογικό έργο Σύνοψις τῶν θείων Κανόνων. Κανένα αντίγραφο της σύνοψης αυτής δεν σώζεται στη μονή, αλλά δύο κώδικές της πιθανόν να σχετίζονται με τις πηγές του Αρσενίου, ο Κώδικας 216 (Λάμπρος 42), των μέσων του 12ου αιώνα, και ο Κώδικας 38 (Λάμπρος 52), του 11ου αιώνα.
Κανένα από τα χειρόγραφα που χρονολογούνται από τον 12ο και τις αρχές του 13ου αιώνα δεν μπορεί να αποδειχθεί ότι γράφτηκε στη μονή Φιλοθέου. Εντοπίζονται, ωστόσο, επτά ή οκτώ κώδικες που γράφτηκαν εκείνη την περίοδο, οι οποίοι είτε είχαν αποκτηθεί για τη μονή καινούριοι, είτε ως παλαιότερα χειρόγραφα είχαν αποκτηθεί εκείνη την εποχή από δεύτερο χέρι.
Κατά την παλαιολόγεια περίοδο οι Φιλοθεΐτες μοναχοί διεύρυναν το περιεχόμενο της βιβλιοθήκης είτε γράφοντας είτε αποκτώντας από διάφορες πηγές αρκετούς κώδικες. Οι μοναχοί Γεράσιμος και Ιγνάτιος, με τη βοήθεια και άλλων μοναχών, κατόρθωσαν να δημιουργήσουν μια σημαντική θεματική σειρά. Οι κώδικες που αποκτήθηκαν τότε είναι σχεδόν όλοι αγιολογικοί, εκτός από ένα Τετραευάγγελο που γράφτηκε από Φιλοθεΐτη μοναχό, σύγχρονο του Γεράσιμου, ίσως για προσωπική χρήση.
Με την πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το Άγιον Όρος βιώνει μια δύσκολη περίοδο. Οι πληροφορίες για αντιγραφή κωδίκων είναι λίγες και αναφέρονται στο πρώτο μισό του 15ου αιώνα. Παράλληλα η Δύση αρχίζει να ενδιαφέρεται για τις συλλογές των μονών κατά την Αναγέννηση, όταν αναζητούνται χειρόγραφα με έργα κλασικών συγγραφέων, ενώ λόγω της διαμάχης μεταξύ Ανατολικής και Δυτικής Εκκλησίας αναζητούνται και θεολογικά κείμενα. Κατά συνέπεια αποστέλλονται στο Άγιον Όρος άτομα ώστε να μεταφέρουν στη Δύση χειρόγραφα, με αποτέλεσμα τις γνωστές απώλειες για τις αγιορείτικες βιβλιοθήκες. Εκτός όμως από τις προσπάθειες απόκτησης χειρογράφων, κάποιοι από τους απεσταλμένους της Δύσης κατέγραφαν ό,τι συναντούσαν. Από αυτές τις μαρτυρίες προκύπτει πως οι βιβλιοθήκες της Μεγίστης Λαύρας και του Βατοπαιδίου ήταν οργανωμένες και πως στις μονές Παντοκράτορος και Φιλοθέου υπήρχαν σημαντικές προσωπικές συλλογές μοναχών.
Κατά τον 16ο αιώνα οι μοναχοί της μονής Φιλοθέου συνέλεξαν και αντέγραψαν κυρίως λειτουργικά κείμενα. Η ομάδα γραφέων από την Καλλίπολη (16ος αι.) έγραψε πολλά λειτουργικά βιβλία για το μοναστήρι και παράλληλα διηύθυνε ένα σχολείο για αναλφάβητους ιερείς. Μερικοί από αυτούς έγραψαν κώδικες που σώζονται στη Βιβλιοθήκη του.
Την ίδια περίοδο έχουμε και εμπλουτισμό με βιβλία που μπορούν να χαρακτηριστούν πηγές για την ορθόδοξη θεολογία και τη βιβλική ερμηνεία. Τα περισσότερα αποκτήθηκαν με δωρεές ή αγορές.
Στην πυρκαγιά του 1871 τα βιβλία μεταφέρθηκαν σε ασφαλείς χώρους και διασώθηκαν όλα.
Η περίπτωση της Βιβλιοθήκης της μονής Φιλοθέου παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον λόγω της μεγάλης συλλογής πρώιμων χειρόγραφων Μηναίων, η οποία είναι σημαντική για την αθωνική χειρόγραφη παράδοσή τους. Αν ανατρέξει κανείς στον κατάλογο του Λάμπρου, μόνον η Μεγίστη Λαύρα ξεπερνά τη μονή Φιλοθέου σε αριθμό σωζόμενων παλαιών χειρόγραφων Μηναίων τα οποία λειτουργούν ως τεκμήρια για το πώς τελούνταν οι ιερουργίες στη μονή από την ίδρυσή της το 1141 και εξής.
Αρχείο. Μεταξύ των εγγράφων της μονής συγκαταλέγεται το πωλητήριο μονυδρίου προς τη Λαύρα του 1046, ένα άλλο του 1087, υπογραμμένο από τον Πρώτο του Αγίου Όρους Σάββα, που αναφέρεται στη σκήτη του Μαγουλά. Σώζεται ακόμη ένα χρυσόβουλο του Ανδρονίκου Β΄ Παλαιολόγου (1284), με το οποίο δωρίζεται στη μονή το δεξί χέρι του Ιωάννη Χρυσοστόμου, και ένα άλλο (1287) σχετικό με το μετόχι της μονής στη Θάσο. Από το 1287 υπάρχει επίσης επιστολή του Πρώτου για τα μετόχια της μονής που δεν της ανήκαν πια. Στο 1326 ανάγεται ένα χρυσόβουλο του Ανδρονίκου Γ΄ Παλαιολόγου, στο 1344 του Ιωάννη Α΄ Παλαιολόγου και στο 1346 του Στέφανου Δουσάν. Τέλος, του 1634 είναι έγγραφο του Ιωάννου Γρηγορίου Γκίκα, βοεβόδα Μολδαβίας, και του 1641 έγγραφο του τσάρου Μιχαήλ Θεοδώροβιτς.
Στο Αρχείο της μονής Φιλοθέου υπάρχουν ακόμη διάφορα πρακτικά εκχωρήσεων, απογραφών, οροθεσιών, έγγραφα μητροπολιτών, Πρώτων του Αγίου Όρους, των τουρκικών αρχών στα ελληνικά, και άλλα μοναστηριακά και ιδιωτικά έγγραφα σχετικά με δωρεές, διαθήκες, πωλητήρια κλπ.
Χειρόγραφοι Κώδικες. Η Βιβλιοθήκη της μονής Φιλοθέου περιλαμβάνει σήμερα περί τους 400 χειρόγραφους κώδικες, με 54 από αυτούς σε περγαμηνή, και δύο ειλητάρια. Ο Λάμπρος το 1880 κατέγραψε 249, ενώ τα περισσότερα σπαράγματα που εντόπισε τα τοποθέτησε σε φάκελο και τα τοποθέτησε στο ράφι με αριθμό 81. Σήμερα έχουν επιστραφεί στους κώδικες στους οποίους ανήκαν και συνυπολογίστηκαν στις περιγραφές των εν λόγω κωδίκων.
Οι επιπλέον κώδικες είναι υστερότερα, λειτουργικά κυρίως, χειρόγραφα, πολλοί προφανώς αντιγραμμένοι από έντυπες εκδόσεις. Αρκετοί εξακολουθούν να χρησιμοποιούνται στις ακολουθίες της μονής, και πιθανόν να ήταν στο Καθολικό όταν ο Λάμπρος μελετούσε τη συλλογή. Κάποιοι παλαιότεροι, μεταβυζαντινοί πάντως, κώδικες, που φυλάσσονται τώρα στη Βιβλιοθήκη, κατά την επίσκεψη του Λάμπρου βρίσκονταν προφανώς στα κελιά μοναχών ή στα μετόχια της μονής.
Το 1660 ο Αρσένιος Σουχάνοφ αφαίρεσε από τη μονή 32 χειρόγραφα. Ο κώδικας με ιστορικά υπομνήματα περί του Αγίου Όρους, τον οποίο μελέτησαν
ο Ουσπένσκι και ο Φαλμεράιερ, δεν εντοπίζεται στη Βιβλιοθήκη.
Σημαντικότερο από όλα είναι ένα εικονογραφημένο Τετραευάγγελο (αρ. 33), που θεωρείται από τα αρχαιότερα του Αγίου Όρους. Η προσωπογραφία με τον Ευαγγελιστή Μάρκο αποδιδόμενο ως φιλόσοφο είναι η παλαιότερη μικρογραφική παράσταση στο Άγιον Όρος. Ο κώδικας είναι του 10ου αιώνα, αλλά η αρχαϊκής τεχνοτροπίας παράσταση του Ευαγγελιστή προέρχεται από παλαιότερο χειρόγραφο.
Αξιομνημόνευτος είναι και ο Κώδικας 2 της μονής, του 8ου αι., με επίτιτλα, πρωτογράμματα και άλλα κοσμήματα.
Έντυπα Βιβλία. Τα έντυπα βιβλία της Φιλοθέου ανέρχονται περίπου στις 20.000, από τα οποία τα 500 είναι στα ρωσικά και στα ρουμανικά.
Σε αυτά έχει προστεθεί πρόσφατα η πλούσια βιβλιοθήκη του προηγούμενου βιβλιοθηκάριου Λουκά Ντούρου από την Κατερίνη, ο οποίος απεβίωσε τον Ιανουάριο του 2022 από covid-19.
Ο Θωμάς Παπαδόπουλος στις Βιβλιοθήκες του Αγίου Όρους ( σ. 3) αναφέρει ότι η πρώτη ελληνική έκδοση που έχει εντοπίσει ανάγεται στα 1494, και πρόκειται για την Ἀνθολογία διαφόρων ἐπιγραμμάτων, που τυπώθηκε στη Φλωρεντία από τον Αλόπα (L.F. de Alopa).
Στη Βιβλιοθήκη της μονής θησαυρίζεται επίσης το μοναδικό γνωστό αντίτυπο της πρώτης έκδοσης του Ειρμολογίου, που τυπώθηκε στη Βενετία στις 12.09.1549, από την εκδοτική εταιρεία που είχαν συστήσει ο Μητροφάνης Καισαρείας, ο Δημήτριος Μαρμαρέτο, ο Βασίλειος Βάρελης και ο Σύλβεστρος ντε Οντίνο (Sylvestro de Odino). Σε αυτή την έκδοση περιλήφθηκε τυπωμένο για πρώτη φορά το έργο του Νικολάου Μαλαξού Περὶ τῆς σημασίας τῶν ἑνουμένων δακτύλων τῆς χειρὸς τοῦ ἱερέως ἐν τῷ εὐλογεῖν αὐτὸν τὸν χριστώνυμον λαόν.
Αξιοσημείωτη είναι και η έκδοση του Πεντηκοσταρίου, τυπωμένη στη Βενετία το 1525 από τον ντα Σάμπιο (Stephano da Sabio), όπως και του Τριωδίου του 1538, τυπωμένη από τον Γκεράλντι (Geraldi) επίσης στη Βενετία —και οι δύο εκδόσεις είναι «πόνω δημητρίου του ζήνωνος».
Το βιβλιογραφείο. Στη μονή λειτούργησε σκριπτόριο, το οποίο ιδρύθηκε στα μέσα του 14ου αιώνα, ενώ σχολείο λειτούργησε στα μέσα του 16ου αιώνα. Το εργαστήριο λειτούργησε για δύο περιόδους παρά το γεγονός ότι βρισκόταν σε ένα μικρό και απομονωμένο μοναστήρι. Επικεντρωνόταν αποκλειστικά στην αντιγραφή αγιολογικών και λειτουργικών κειμένων, γι’ αυτό και από τους 250 κώδικες του εργαστηρίου κανένας δεν περιέχει έργο συγγραφέων της κλασικής και της ύστερης αρχαιότητας.
Βιβλιογραφία
Allison, R., «The libraries of Mt Athos: the case of Philotheou» στο Mount Athos and Byzantine Monasticism, επιμ. A. Bryer & Mary Cunningham, Άλντερσοτ, Variorum, 1996, σ. 135–154.
Allison, R., «Kallinikos, Calligrapher of Dionysiou and Abbot of Philotheou», Διεθνή Συμπόσια 7: Η ελληνική γραφή κατά τους 15ο και 16ο αιώνες, Αθήνα, ΕΙΕ / ΙΒΕ, 2000, σ. 301–321.
επιμ. Mullett, Margaret, «Founders and refounders of Philotheou monastery on Mount Athos» στο Founders and refounders of Byzantine monasteries, Μπέλφαστ, Belfast Byzantine Enterprises, 2007, σ. 465–524.
Γούδας, Μ., «Βυζαντιακά γράμματα της εν Άθω Ιεράς Μονής του Φιλοθέου. Αφιερωτήριον γράμμα Θεοδώρας Παλαιολογίνης της Φιλανθρωπηνής του έτους 6885 (1376)», Δελτίον της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας 2 (1925), σ. 3–17.
Korać, D., «The newly discovered charters of Stefan Dušan for the monastery of Philotheou», στο Recueil des Travaux de l’Institut d’Études Byzantines XXVII–XXVIII, Βελιγράδι 1989, σ. 185–216.
Korać, D., «Светогорски манастир Филотеј и Срби», Хиландарски Зборник 9 (1997), 7–20 [The Athonite Monastery of Philotheou and the Serbs].
Λιάκος, Δ., «Ανασκαφικές έρευνες στις μονές Βατοπεδίου και Φιλοθέου» στο Το Αρχαιολογικό Έργο στη Μακεδονία και στη Θράκη 28, 2014, Θεσσαλονίκη 2019, σ. 627–636.
Λιάκος, Δ., Ανασκαφικές έρευνες στη μονή Φιλοθέου, Αρχαιολογικόν Δελτίον 69 (2014): Χρονικά Β2, 2104-2108. Αθήνα 2020.
Παπαδόπουλος, Θ., Βιβλιοθήκες Αγίου Όρους. Παλαιά ελληνικά έντυπα, Αθήνα 2000.
Parpulov, G., «Philotheou and Stavronikitia in AD 1520», Miscellanea Palaeoslavica 24/2 (2016), σ. 281–284.
Richard, M., «Les textes hagiographiques du codex Athos Philothéou 52», Analecta Bollandiana 93 (1975), σ. 137–156.
Regel V. / Kurz E. / Korablev B., Actes de Philothée (Actes de l'Athos 6), Αγία Πετρούπολη 1913.
Σμυρνάκης, Γ., Το Άγιον Όρος, Καρυές Αγίου Όρους 1903/1988.
Τσιγάρας, Γ., «Οι τοιχογραφίες του παρεκκλησίου του Τιμίου Προδρόμου της Μονής Φιλοθέου», Μελέτες ιστορίας της μεταβυζαντινής τέχνης, Θεσσαλονίκη 2013, σ. 193–222.
Τσιρώνης, Γ. (Γεώργιος ιερομ.), Συμφωνίες και αποκλίσεις των αγιορειτικών Τυπικών του ι θ´ αιώνος (Διονυσίου, Φιλοθέου, Αγίου Παύλου και Κωνσταμονίτου) προς την έντυπη παράδοση του αγιοσαββιτικού Τυπικού, Θεσσαλονίκη 2015.