Όταν ο καρδινάλιος Φρανσουά ντε Λα Ροσφουκώ ανέλαβε υπό την εποπτεία του το αβαείο της Αγίας Γενεβιέβης (Sainte-Geneviève) στο Παρίσι με σκοπό την ανακαίνισή του το 1619, βρήκε μια βιβλιοθήκη εντελώς κενή.
Η σύληση της βιβλιοθήκης ήταν πιθανότατα απόρροια των θρησκευτικών πολέμων που είχαν ξεσπάσει στη Γαλλία μεταξύ Καθολικών και Προτεσταντών Ουγενότων κατά την περίοδο 1562–1598, με αποκορύφωμα τη Νύχτα του Αγίου Βαρθολομαίου (1572)· οι εντάσεις ανάμεσα στη Συμμαχία των Καθολικών (La Ligue catholique), η οποία είχε την υποστήριξη των Ιησουιτών μοναχών, και τους οπαδούς του Προτεσταντισμού, προκάλεσαν τον θάνατο πολλών ανθρώπων και την καταστροφή πολλών κτιρίων και βιβλιοθηκών.
Με την πρωτοβουλία του ντε Λα Ροσφουκώ, η βιβλιοθήκη αναμορφώθηκε. Ο χώρος της κατά την περίοδο της νέας εγκατάστασης, από το 1624–1630, κατελάμβανε μία πτέρυγα που βρισκόταν στην αψίδα πάνω από τη γαλαρία της μονής· η διαμόρφωσή της, όμως, δεν προσφερόταν για οργάνωση και λειτουργία βιβλιοθήκης.
Οι αναγνώστες άρχισαν να αναφέρονται στη βιβλιοθήκη του αβαείου Σαιντ-Ζενεβιέβ προς τα τέλη του 17ου αιώνα, τότε που ο Claude de Creil προσέλαβε ειδικούς αρχιτέκτονες για τη δημιουργία μιας αίθουσας βιβλιοθήκης, η οποία κατασκευάστηκε κατά το 1672–1675.
Στη συνέχεια, η βιβλιοθήκη επεκτάθηκε εντυπωσιακά από το 1726 ως το 1730 με τα σχέδια του αρχιτέκτονα Jacques de La Guépière, ο οποίος πρόσθεσε μία εγκάρσια γαλαρία· έτσι, ο χώρος απαρτιζόταν πλέον από τέσσερις πτέρυγες. Έκτοτε, η βιβλιοθήκη άνοιξε περισσότερο στον κόσμο κι αποτέλεσε κοινό τόπο των ανθρώπων του πνεύματος και των περιηγητών. Ταυτόχρονα, από τα μέσα του 17ου αιώνα περίπου, η βιβλιοθήκη άρχισε να μεγαλώνει από δωρεές: ο Gabriel Naudè δώρισε το 1653 ένα τμήμα της συλλογής βιβλίων του, και ένας Έλληνας ιερέας, ο Αθανάσιος ο Ρήτορας, τα έντυπα βιβλία του το 1663.
Σημαντικό ρόλο στην οργάνωση και τον εμπλουτισμό της συλλογής του αβαείου διαδραμάτισαν μέσα στον χρόνο οι βιβλιοθηκάριοι της, όπως ο Claude Du Molinet (1620–1687), o Pierre-François Le Courayer (1711–1727), κ.α. Οι συλλογές της βιβλιοθήκης αριθμούσαν 42.000 τόμους το 1733, ενώ το 1790 έφτασαν στους 62.000, μεταξύ των οποίων και 2.000 χειρόγραφα. Έτσι, η βιβλιοθήκη του αβαείου Σαιντ-Ζενεβιέβ έγινε κατά τον 18ο αιώνα η σπουδαιότερη βιβλιοθήκη του Παρισιού, μετά από τη Βασιλική Βιβλιοθήκη του Blois.
Jolly, Claude (ed.), Histoire des bibliothèques françaises, Les bibliothèques sous l'Ancien Régime, 1530–1789, II, 22–24.