Από κάθε άποψη η Βατικανή Βιβλιοθήκη έως τα τέλη του 15ου αιώνα υπερέχει όλων των ιταλικών βιβλιοθηκών αλλά και αυτών του Βορρά, τόσο σε επίπεδο πλούτου όσο και σε αρχιτεκτονικό σχεδιασμό. Μολονότι ιδρυτής της βιβλιοθήκης θεωρείται ο πάπας Νικόλαος Ε΄ (1447–1455), ειδικό χώρο για τη φύλαξή της εξασφάλισε ο πάπας Σίξτος Δ΄ (1471–1484) ήδη από το 1471. Αμέσως μετά την αναρρίχησή του στον παπικό θρόνο, ο βεστιάριός του ανέθεσε σε πέντε αρχιτέκτονες την ανέγερση κτίσματος για την οργάνωση της βιβλιοθήκης. Ωστόσο το αρχικό σχέδιο ατόνησε και για τρία χρόνια δεν παρατηρήθηκε καμία κίνηση προς την κατεύθυνση αυτή μέχρι που ο διορισμός του Μπαρτολομέο Πλατίνα στη θέση του προϊσταμένου της βιβλιοθήκης (28 Φεβρουαρίου 1475) έδωσε νέα πνοή στο αρχικό σχέδιο.

Στα χρόνια του πάπα Σίξτου Δ΄. Η θέση που επιλέχτηκε για να στεγαστεί η βιβλιοθήκη ήταν το ισόγειο κτίσματος που είχε ανεγερθεί στα χρόνια του πάπα Νικόλαου Ε΄ και χρησίμευε ως βοηθητικός αποθηκευτικός χώρος. Πρόκειται για ένα ορθογώνιο στενόμακρο κτίσμα, χωρισμένο σε τέσσερις συνεχόμενες αίθουσες, οι δύο από τις οποίες συνδέονται με δύο ανοίγματα. Η κεντρική είσοδος προς τη βιβλιοθήκη ανοίχτηκε από τη λεγόμενη Αυλή του Παπαγάλου (Cortile del Pappagallo) και πρόκειται για μια βαρύτιμη πύλη με μαρμάρινο θύρωμα, που στέφεται από το έμβλημα του πάπα Σίξτου Δ΄. Στον όλο χώρο περιλαμβάνονται η Λατινική Βιβλιοθήκη, η Ελληνική Βιβλιοθήκη, η Κρυφή Βιβλιοθήκη και η Ποντιφική Βιβλιοθήκη. Στη βορινή πλευρά υπήρχαν πέντε υαλοστάσια που έβλεπαν προς την Αυλή του Μπελβεντέρε (Cortile del Belvedere), ενώ από στη νότια υπήρχε ένα μόνο παράθυρο, που φώτιζε την αίθουσα της Ελληνικής Βιβλιοθήκης.

Στην πρώτη αίθουσα, η οποία συνόρευε με το ελληνικό τμήμα της βιβλιοθήκης, ταξινομήθηκαν οι λατινικοί κώδικες και τα αρχέτυπα. Στην Κρυφή Βιβλιοθήκη ταξινομήθηκαν τα πλέον πολύτιμα χειρόγραφα και άλλο υλικό, ενώ στην Ποντιφική Βιβλιοθήκη θησαυριζόταν το αρχείο (Regesta). Η αίθουσα αυτή, επονομαζόμενη από το 1512 intima et ultima secretior bibliotheca, φαίνεται πως φύλασσε ό,τι πολυτιμότερο σχετίζεται με την Αποστολική Έδρα και την ιστορία της. Σύμφωνα και με την άποψη του Πλατίνα, η βιβλιοθήκη έπρεπε να είναι άρτια οργανωμένη και παράλληλα να διακρίνεται για την αισθητική της, σύμφωνα με τον ρόλο της ως Κιβωτού της Χριστιανοσύνης.

Για την εσωτερική αρχιτεκτονική και διακόσμηση της βιβλιοθήκης επιλέχθηκαν εξειδικευμένοι καλλιτέχνες και τεχνίτες από όλα τα ιταλικά κέντρα. Για τα υαλοστάσια οι υαλοπίνακες παραγγέλθηκαν στα εργαστήρια της Βενετίας και η επεξεργασία τους ανατέθηκε σε κάποιον Γερμανό ονόματι Χερμάνους. Για την επιτοίχια διακόσμηση το παπικό περιβάλλον εμπιστεύθηκε τους Φλωρεντινούς αδελφούς Γκιρλαντάιο και τον Μελότσο ντα Φορλί. Η κεντρική είσοδος περιβλήθηκε με μαρμάρινο θύρωμα, το οποίο ξεχώριζε για τα 95 ορειχάλκινα διακοσμημένα καρφιά του και για άλλα διακοσμητικά που χάθηκαν στον χρόνο.

Η διακοσμητική παρέμβαση των αδελφών Γκιρλαντάιο μπορεί μερικώς να ανασυσταθεί. Οι άκρες του θόλου καλύφθηκαν από κλασικού ύφους γύψινα, επιχρωματισμένα με σκούρα χρώματα, ενώ στη σύνδεση των θόλων μεταξύ τους είχε σχεδιαστεί μια διακοσμητική σύνθεση ή το έμβλημα του πάπα Σίξτου. Πρόσθετα στοιχεία της σύνθεσης αποτελούσαν οι απεικονίσεις αρχαίων φιλοσόφων κυρίως και Πατέρων της Δυτικής Εκκλησίας.

Ο τοίχος απέναντι από την κεντρική είσοδο και αριστερά της, μεταξύ των δύο υαλοστασίων που βλέπουν προς την Αυλή του Μπελβεντέρε, φιλοξενούσε τη νωπογραφία του Μελότσο ντα Φορλί που χρονολογείται στα 1477 και προοριζόταν να μνημονεύει τη θεμελίωση της βιβλιοθήκης του Σίξτου Δ΄. Μαζί με τον ένθρονο πάπα απεικονίζονται ως συμπαραστάτες οι καρδινάλιοι Πιέτρο Ριάριο και ντέλλα Ρόβερε, ενώ στα πόδια του γονυπετής εικονίζεται ο νεοδιορισθείς υπεύθυνος της βιβλιοθήκης Μπαρτολομέο Πλατίνα. Με το δάχτυλό του ο Πλατίνα δείχνει μια επιγραφή, η οποία εξυμνεί την προσφορά του ποντίφικα στην πόλη της Ρώμης και αφορά όχι μόνο κατασκευαστικά έργα (εκκλησίες, γέφυρες, βρύσες), αλλά και την εγκαθίδρυση της βιβλιοθήκης στο παλάτι του Βατικανού. Η διακόσμηση της αίθουσας της Ελληνικής Βιβλιοθήκης δεν έχει διασωθεί, αλλά τα κατάλοιπα των νωπογραφιών δεν αφήνουν αμφιβολία πως τα τόξα μεταξύ των απολήξεων των σταυροθολίων διακοσμήθηκαν με τον αντίστοιχο ζωγραφικό σχεδιασμό της Λατινικής Βιβλιοθήκης.

Η φιλοσοφία της λειτουργίας της. Οι τέσσερις αίθουσες της Βατικανής Αποστολικής Βιβλιοθήκης αριθμούσαν πέντε συστοιχίες βιβλιοστασίων και 42 συνολικά έδρανα, το καθένα από τα οποία πρέπει να είχε μήκος 9 μέτρων περίπου. Έτσι, παρείχε τη δυνατότητα εξυπηρετήσεως περίπου 400 ατόμων, προδιαγραφές οι οποίες ταίριαζαν απόλυτα με τις προθέσεις του Σίξτου Δ΄, που προσέβλεπε στην οργάνωση μιας βιβλιοθήκης η οποία να ικανοποιεί τις αναζητήσεις και τα ενδιαφέροντα κάθε ανθρώπου των γραμμάτων. Δεν επρόκειτο δηλαδή για κλειστή βιβλιοθήκη, ούτε για ρητορική διακήρυξη του πάπα, καθώς ήδη από την εποχή του Πλατίνα μεγάλος αριθμός σπάνιων κωδίκων τελούσαν υπό δανεισμό, όπως μαρτυρεί το κατάστιχο Αρχείο Δανεισμού. Η επιθυμία του Σίξτου Δ΄ έγινε απόλυτα σεβαστή και από τους διαδόχους του, κάτι που ενισχύεται και από την εντύπωση που προκάλεσε στον Μονταίν η επίσκεψή του στη βιβλιοθήκη περίπου έναν αιώνα αργότερα, το 1581.  

Η βιβλιοθήκη του πάπα Σίξτου Ε΄. Με την ανάρρησή του στον παπικό θρόνο το 1585, ο Φελίτσε Περέττι, Σίξτος Ε΄ (1585–1590), θέλησε να εντάξει τη βιβλιοθήκη στα μουσειακά διαμερίσματα και στις γαλαρίες του Βατικανού και να τους προσδώσει ακόμη μεγαλύτερη αίγλη. Έτσι το 1587 ανέθεσε στον αρχιτέκτονα Ντομένικο Φοντάνα να σχεδιάσει μια νέα βιβλιοθήκη, με καθαρά αναγεννησιακά πρότυπα, που να αντανακλά τόσο τον πλούτο της συλλογής, όσο και τον ρόλο της στη διαιώνιση της γνώσης. 

Η αίθουσα εκτείνεται από την Αυλή του Μπελβεντέρε με δυτική κατεύθυνση και συνορεύει με τις στοές που συνδέουν το Μπελβεντέρε με το ανάκτορο του Βατικανού. Σχεδιαστικά, η βιβλιοθήκη διαιρείται σε δύο κλίτη, που διαμορφώνονται από έξι πεσσούς στον άξονα της αίθουσας, οι οποίοι και στηρίζουν τα σταυροθόλια, ενώ στους δύο πλευρικούς τοίχους έχουν ενσωματωθεί επτά υαλοστάσια μεγάλων διαστάσεων.

Το σκεπτικό του σχεδιασμού της βιβλιοθήκης συνίσταται στο ότι δεν πρόκειται για μια συμβατική βιβλιοθήκη και αναγνωστήριο, αλλά για μια βιβλιοθήκη σύμβολο και αποθέτη βιβλίων. Όλες οι επιτοίχιες επιφάνειες είναι καλυμμένες με τοιχογραφίες, όπως και τα ερμάρια που λειτουργούν ως βιβλιοστάσια.   

Στις τοιχογραφίες που επιμελήθηκαν οι Τσέζαρε Νέμπια και Τζοβάννι Γκουέρρα, οι παραστάσεις γεφυρώνουν την ελληνορωμαϊκή με τη χριστιανική παράδοση και απεικονίζονται μυθικά πρόσωπα δίπλα σε βιβλικά και Πατέρες της Εκκλησίας, όπως ο Ηρακλής με τον Ερμή και ο Αβραάμ με τον Μωυσή. Τις προσωπογραφίες πλαισιώνουν αναπαραστάσεις ιστορικών βιβλιοθηκών, όπως της Βαβυλώνας και της Αλεξάνδρειας, αλλά και συνθέσεις από Συνόδους, όπως της Νικαίας, της Εφέσου και της Χαλκηδόνας. Στις δύο εσωτερικές πλευρές της αίθουσας και ακριβώς στον άξονα, εποπτεύουν τον χώρο ο Αδάμ από τη μία πλευρά και ο Χριστός από την άλλη.

Τα βιβλιοστάσια της νέας Αποστολικής Βιβλιοθήκης στο Βατικανό διαφέρουν από όλες τις άλλες ιταλικές βιβλιοθήκες, με εξαίρεση το Στουντιόλο του Ουρμπίνο. Πρόκειται για ξύλινα ερμάρια, που περιβάλλουν τους πεσσούς και καλύπτουν όλες τις ελεύθερες επιτοίχιες επιφάνειες, σε ύψος που άγγιζε τα 2,20 μέτρα. Τα ταμπλαδωτά φύλλα είναι επιζωγραφισμένα με κεντρικό θέμα το οικόσημο του πάπα και στέφονται από ένα πλούσιο γείσο, ενώ εσωτερικά τοποθετήθηκαν ράφια στα οποία ταξινομήθηκαν τα βιβλία. Ένα δεύτερο εσώφυλλο, με πλαίσιο και μεταλλικό πλέγμα, χρησίμευε ως προστατευτικό, σε περίπτωση που άνοιγαν τα εξωτερικά φύλλα για λόγους εξαερισμού.

Κ.Σπ. Στάικος, Η Αρχιτεκτονική των Βιβλιοθηκών στον Δυτικό Πολιτισμό, Αθήνα, Άτων, 2016, σ. 303–314.